Su proceso educativo -estudio del canto, del órgano, del contrapunto y del latín-, siguió en su totalidad el paradigma formativo del cantante, y especialmente del profesor de canto en Bolonia durante el siglo XVII. Estudió para el sacerdocio y después de su ordenación se hizo organista de la iglesia de la Madonna di Galliera, Bolonia. En 1647 fue nombrado allí maestro di cappella de San Giovanni in Monte. También era maestro de canto, contrapunto y órgano. Parece haber permanecido toda su vida en su ciudad natal, donde se volvió una figura influyente en los círculos musicales. El nombre de Filipucci, está vinculado a la floreciente escuela, especialmente de sopranos y contraltos, pero también, y quizá sobre todo, de tenores, que él creó, y de la que salieron numerosos músicos y profesores de canto, entre ellos A. Predieri, F. Pulzoni, G. F. Tosi, B. Monari, F. M. Grandi y, al menos en lo que respecta al estudio del órgano, G. P. Colonna. La escuela, a la que asistieron principalmente religiosos, limitaba su enseñanza al campo de la música sacra, excluyendo así una preparación específica para el teatro.

Ya miembro de la Accademia dei Filaschici (establecida en Bolonia en 1633 por D. Brunetti y F. Bertacchi), Filipucci fue uno de los fundadores, en 1666, de la Academia Filarmónica, a la que continuó dando apoyo financiero. En la Academia Filarmónica llevó a cabo una intensa actividad como compositor; fue elegido príncipe en 1669 y en 1675, y ocupó el cargo de director en 1673, en 1676 y en 1677. Debido a la importancia y la reputación de su enseñanza, fue invitado por el patrocinador V. M. Carrati para organizar, junto con G. C, Arresti, la vida musical. Sin embargo, debido a serios desacuerdos con algunos hermanos, al año siguiente abandonó con sus estudiantes la Filarmónica dando vida a una nueva academia: la de los 'Rinascenti'. A la Filarmónica Filipucci regresó sólo en 1669, cuando se decretó la expulsión perpetua de los canónigos regulares de la Academia; de la de los Rinascenti no hay más noticias después de 1671.

Sus obras conocidas son exclusivamente sacras y fueron escritas evidentemente para grupos modestos; en la dedicatoria de sus Misas Op 2 indica que se adaptaron las últimas tres obras de la colección de modo que, si ninguna soprano estuviera presente, la parte alta podría cantarse una octava más baja que lo escrito. Contribuyó con dos motetes a las colecciones de Marino Silvani de obras sacras por compositores boloñeses. También compuso un oratorio o 'drammetto', ahora perdido, que se realizó en el Oratorio di SS Sebastiano e Rocco, Bolonia, en 1675. Su alumno Angelo Predieri fue uno de los maestros del Padre Martíni y de Luca Antonio Predieri. El estilo de composición de Filipucci, es, básicamente, adherente a los cánones de la tradición palestriniana y del resto las lecciones de la escuela polifónica romana son programáticamente privilegiadas en el ámbito de la Academia Filarmónica.