Nació a principios de siglo. XVII. S. L. Astengo le atribuye origen sardo (de Cerdeña), mientras que en los títulos de sus composiciones es mencionado a menudo como S. F. 'da Rimini', que, sin embargo, puede indicar ya sea el lugar de origen, el lugar de la orden religiosa o el sitio donde desarrolló (por un período bastante largo) sus actividades. Padre agustino y bachiller en artes, fue organista y compositor de música sacra.

Manuscrito de "Lætare mater Ecclesia" de Stefano Filippini

El teórico musical Giuseppe Ottavio Pitoni da la fecha de su investidura como 1616 y dice que era maestro di cappella de San Stefano, Venecia, en 1620, pero no existe ninguna documentación para apoyar esta afirmación. Hay también una atribución a Filippini de un motete por un C. Argentini en "Symbolae diversorum musicorum" de Lorenzo Calvi (1620).

Filippini sirvió como maestro di cappella en varias iglesias, según Pitoni: en San Agostino, Roma, donde fue instalado hacia 1643; en San Giovanni Evangelista, Rimini (1648–86); en las catedrales de Rávena (c1655) y San Marino, en cuya catedral fue maestro di cappella en 1675; y en iglesias en Forlì, Génova y Montefiascone. Las primeras obras definitivamente publicadas por Filippini son tres motetes incluidos en una colección de F. De Silvestris, publicada en Bracciano en 1643; después de éstos, durante un periodo de más de 30 años, publicó 12 volúmenes de misas polifónicas, salmos y motetes, uno de los cuales está perdido; su estilo es conservador, así como la mayoría de la música sacra boloñesa de esa época.

En 1671 firmó sus "Concerti sacri, libro II, Op. 7", con el título de maestro di cappella de San Giovanni Evangelista en Rimini. Es probable que haya actuado en esa ciudad desde 1648 hasta 1686 aproximadamente. Sus primeras composiciones musicales son, como ya se ha mencionado, tres motetes ("Oquales flores", "Quasi oliva" y "Repleta est malis"), para tres voces y bajo continuo, en la colección de De Silvestris, "Concentus sacras continens laudes", Bracciano, 1643. Sin embargo, la intensa actividad como compositor comenzó en la segunda mitad del siglo, cuando publicó numerosas obras. Todas las composiciones tienen un estilo severo y son conformes a las características un poco conservadoras de la música sacra boloñesa de la segunda mitad del siglo XVII.