Escasas y vagas son las noticias sobre su formación musical, quizás realizada en Venecia, donde Freschi vivió durante algún tiempo en su primera juventud. Cantor en la catedral de Vicenza, donde fue ordenado sacerdote, el 24 de agosto de 1650 recibió la prebenda de canónigo y el 14 de diciembre de 1656 concursó para el puesto de maestro di cappella de la catedral, superando a competidores fuertes como P. Granza, P. Viani y Carlo Grossi.

Página de título del "Oratorio Della Giuditta" de Giovanni Domenico Freschi -

También en 1656 fue nombrado maestro di cappella de la SS. Coronata y de la Academia Olímpica. El 25 de abril de 1657 fue llamado para prestar sus servicios en la capellanía de los Ss. Simone e Giuda, y el 14 de septiembre de 1659 en la de Santa Cristina, al tiempo que conservaba hasta su muerte el cargo en la catedral de Vicenza; de hecho, desde 1681 a 1696 (cuando fue discontinuado), Freschi ocupó el puesto de ‘maestro di cappella para la música que la ciudad magnífica está obligada a interpretar'.

Por otra parte estuvo especialmente activo como compositor de óperas, particularmente en Venecia en teatros públicos, pero también para el teatro privado de Marco Contarini en Piazzola sul Brenta, cerca de Padua. Sus óperas han llegado hasta nosotros, en su mayor parte, a través de los Códices Contariniani, los que en su época gozaron de cierta notoriedad en los teatros de Italia septentrional. Todas sus óperas fueron estrenadas en Venecia, y en 1677 entró al servicio del teatro Sant’Angelo. La partitura de "Tullia superba" (1678) tiene escritura melódica relativamente bien considerada y hace mucho uso de punteos y ritmos anapésticos; algunas de las últimas óperas (por ejemplo. "L´incoronatione di Dario") contienen grandes y exigentes arias da capo. De su actividad como compositor de óperas, desarrollada entre 1671 y 1685 principalmente en Venecia en el teatro Sant'Angelo, se conserva la mayor parte en manuscritos en la Biblioteca Nazionale Marciana de Venecia.

Compuso algunas misas, música religiosa y dos oratorios, pero su mayor producción estuvo dedicada al campo de la composición dramática. La música de iglesia de Freschi incluye música de himnos para cuatro voces, que todavía estaban interpretándose en Vicenza en el siglo XIX. Fue maestro de Giovanni Antonio Riccieri (1679-1746) quien, a su vez, fue maestro del famoso Padre Giovanni Battista Martini en Bolonia.

Especialmente popular en los círculos musicales venecianos por su producción teatral, que refleja en su totalidad el gusto de su tiempo, Freschi fue admirado por la profundidad de la ciencia armónica puesta de manifiesto en la producción sacra, donde se aprecia la gravedad del estilo y el erudito uso del contrapunto. Polifonista experto, siempre sabía cómo distribuir con admirable lirismo las diferentes voces, de las cuales enfatizaba el carácter y las posibilidades sonoras, revelándose en esto heredero de la gran tradición polifónica italiana.