Giovanni fue uno de los cinco hijos de Piero di Fais ‘llamado Gabrieli’, natural de Carnia, que residió durante un tiempo en la parroquia de San Geremia, Venecia, y que era hermano del compositor renacentista Andrea Gabrieli. Poco se sabe de sus primeros años. Es posible que fuera educado por su tío Andrea, del cual, en la dedicatoria de “Concerti … continenti musica di chiesa, madrigali, & altro” (1587), se describe a sí mismo como ‘poco menos que un hijo’; precisa información relativa a la relación entre tío y sobrino es, sin embargo, escasa. Como Andrea, Giovanni pasó un periodo de estudio y aprendizaje bajo  Orlande de Lassus en la corte del Duque Albrecht V en Munich. Uno de sus primeros madrigales publicados, “Quand’io ero giovinetto”, aparece en “Il secondo libro de madrigali a cinque voci de floridi virtuosi” (1575), una colección de obras de compositores al servicio de Albrecht. Gabrieli permaneció en Munich por algunos años, y en 1578 los registros de la corte lo muestran recibiendo salario y beneficios. Probablemente dejó este empleo el año siguiente o poco después, como parte del  éxodo de músicos después de la muerte del Duque Albrecht en 1579. Estaba en Venecia en 1584, desempeñándose como organista temporal en San Marco durante la vacancia de ese puesto por Claudio Merulo. Su nombramiento se hizo permanente cuando ganó la competencia realizada el 1 de enero de 1585, y conserve el puesto hasta su muerte: durante algunos meses en 1585 los dos Gabrieli –tío y sobrino- sirvieron juntos como organistas de la capilla ducal.

Giovanni Gabrieli, llamado, il Sivelli, por Agostino Carracci

Después de la muerte de Andrea Gabrieli en 1585, Giovanni editó un gran número de obras de su tío para ser publicadas: en particular, los “Concerti” (1587), una colección de piezas en gran escala sacras, seculares e instrumentales, y el “Terzo libro de madrigali a cinque voci” (1589). En ambos volúmenes agregó varias de sus propias  composiciones. Numerosos de sus intonazioni y ricercares para órgano fueron publicados en “Intonationi d’organo … libro primo” (1593) y “Ricercari … libro secondo” (1595) de Andrea, ambos probablemente editados por Giovanni junto con otros volúmenes de composiciones para teclado de su tío. Un signo adicional de la cercana afinidad entre tío y sobrino es el hecho de que después de 1585, Giovanni se hizo cargo del papel de Andrea como el principal compositor de música ceremonial para San Marco. El mismo año compuso musica para al menos uno de lños juegos pastorales realizados en el palacio ducal varias veces al año. En 1585 Gabrieli fue elegido para suceder a Vincenzo Bellavere como  organista de la Scuola Grande di San Rocco, con un salario de 24 ducados. Asumió sus deberes el 13 de febrero de ese año y conservó el puesto por el resto de su vida.

Parece ser que hacia fines del año 1586 la situación económica de Giovanni era bastante conflictivo, tanto así que la procuraduría de San Marco tomó la decisión el 30 de diciembre de ese año de pagar al músico la poco común gran suma de un año de salarios por adelantado, ‘en consideración a sus necesidades’. Dos documentos notariales e especifican que el compositor estaba entonces viviendo en la parroquia de San Vidal. En una carta de 1604, el compositor se refiere a su ‘numerosa familia’: no está claro si sus dependientes eran sus propios hijos o los de su hermana o cuñadas.

Edición discográfica LP de obras de Giovanni Gabrieli

La primera colección amplia de obras de Gabrieli fue la “Sacrae symphoniae” (1597); el contenido indudablemente refleja, en particular, sus deberes en San Marco, pero no es improbable que varias de las piezas fueran escritas para, o interpretadas por primera vez en la confraternidad de San Rocco, o en las varias parroquias e iglesias  monásticas de Venecia, donde Gabrieli frecuentemente participaba haciendo música en los principales días de fiesta. Muchas de sus obras del volumen de 1597 fueron rápidamente re impresas al norte de los Alpes, especialmente en dos volúmenes de “Sacrae symphoniae” impresos por Kauffmann de Nuremberg en 1598 (la colección fue editada por Caspar Hassler). La fama de Gabrieli en las tierras de habla alemana se refleja también en el hecho de que fue contratado para enseñar a alumnus enviados a Venecia por varios príncipes del norte: entre ellos destacan Heinrich Schütz, Michael Praetorius, Alessandro Tadei, Morgens Pedersøn, Hans Nielsen, el organista Melchior Borchgrevinck; dos niños coristas y otros dos cantantes fueron enviados a Venecia a expensas del rey de Dinamarca para estrudiar con él.

Por su parte compuso diversas obras siguiendo el estilo de su tío pero acentuando aún más los contrastes, con un mayor dramatismo y color. Al igual que otros compositores de la Escuela Veneciana, su estilo se vio notablemente influenciado por las características particulares de la iglesia de San Marco, con sus galerías separadas, por lo que los órganos y los coros se ubicaban en lados opuestos, además de la excelente acústica del lugar. Utilizando como punto de partida una factura poli coral, Gabrieli confió ciertas partes, luego coros enteros, a los instrumentos (llamó a sus piezas instrumentales “canzones" y "sonatas") en motetes en varias secciones como “In ecclesiis benedicite Domino” de “Sacrae Symphoniae” (1615).

Sufriendo desde 1606 de cálculos renales, que le obligaron a dejar parte de sus responsabilidades, murió en Venecia a causa de un cólico nefrítico, y fue enterrado en la iglesia del convento de San Stefano, en la parroquia de San Vidal.

Tanto Giovanni como su tío fueron los principales responsables del desarrollo del floreciente estilo poli coral de música sacra, que quedó plasmado en la arquitectura de San Marcos. Ambos realizaron importantes aportes a los principales géneros de su tiempo, especialmente misas, motetes, madrigales y piezas instrumentales (canzonas, ricercares y toccatas). Junto con Willaert, Andrea Gabrieli y Merulo, fue uno de los principales representantes de la música veneciana de los siglos XVI y comienzos del XVII. Uno de los más influyentes músicos de su época, representa la culminación de la Escuela Veneciana, enmarcándose en la transición de la Música renacentista a la Música barroca.