Segundo hijo (el mayor sobreviviente) de Orlando Gibbons. Sirvió a Charles I en su juventud, probablemente como corista de la Capilla Real. Después de la muerte de su padre quedó bajo el cuidado de su tío Edward Gibbons, sochantre de la Catedral de Exeter. En enero de 1627 fue nombrado por intermedio de la Signet Office para ser admitido como estudiante de la Charterhouse; los administradores aprobaron su elección el 21 de junio, aunque no es seguro que realmente fuera admitido. En 1638 sucedió a Thomas Holmes como organista de la Catedral de Winchester, pero en 1642 vio el hermoso órgano de la Catedral estropeado por los soldados parlamentaristas.

El 23 de septiembre de 1646 se casó con Mary Kercher, hija de un prebendado de Winchester, y se estableció en Londres, donde en 1651 aparece enlistado en A Musicall Banquet de Playford entre los maestros ‘para el Órgano o Virginal'. Según Aubrey fue también organista de Sir John Danvers, cuya residencia en Chelsea tenía ‘un órgano excelente con registros de cedro '. Parece que su esposa Mary había muerto alrededor de 1655, y que el 22 de abril de ese año él se casó con una viuda, Elizabeth Filbridge (nacida Ball); cinco niños fueron bautizados en St Clement Danes entre febrero de 1656 y junio de 1660. En 1656 fue uno de seis intérpretes en el ‘Instrumental Musick' para "The Siege of Rhodes" de Davenant presentado en Rutland House.

Edición discográfica de obras de Christofer Gibbons

La partitura de Locke para la producción de 1659 de "Cupid and Death" de Shirley incluye música vocal e instrumental de Gibbons; no hay seguridad de que esta haya formado parte de las 'composiciones musicales' de la producción de 1653 dada ante el embajador portugués.
Luego de la Restauración Gibbons recibió nombramientos como músico de Charles II y como organista de la Capilla Real y Abadía de Westminster; renunció por lo tanto a su cargo en Winchester. Como músico-ordinario sirvió en una doble condición,  como virginalista ‘in the Presence' (en 1660 se dieron instrucciones de ‘construir un órgano para él'), y como miembro de la Música Privada del Rey, con sueldos anuales de £46 y £40 respectivamente. Ocupó este puesto y el de organista de la Capilla Real hasta su muerte. En 1660 se convirtió en organista, y en 1664 Maestro de los Coristas, de la Abadía de Westminster, puestos que mantuvo hasta 1666.

Entre 1662 y 1665 se vio envuelto en un escándalo relacionado con los planes para un nuevo órgano en la Catedral de Worcester, y se le acusó de buscar corruptamente que se asignara el contrato a William Hathaway. En 1663 fue nominado por el rey para el grado de DMus en la Universidad de Oxford, y este se le confirió en julio de 1664; sus ejercicios para el Acto (realizado con grandes honores para él y sus facultades) sobreviven, y un retrato suyo en túnicas doctorales se presentó a la Escuela de Música. En 1665 la familia Gibbones estaba viviendo en Great Almonry, y en 1671 en New Street, Westminster. Gibbons fue enterrado el 24 de octubre de 1676 en los claustros de la Abadía de Westminster.

Como intérprete de teclado, Gibbons fue una figura excelente en la música de la Restauración. Como compositor, su estilo, aunque vigoroso, es más tosco y menos elocuente que el de Locke; North, que lo llamó ‘un gran maestro en el estilo eclesiástico y también en consort musick', caracterizó su obra como 'atrevida, sólida, y fuerte, pero inconexa y no sin un poco de barbarismos'. Los verse anthems pertenecen a un tipo de transición, con acompañamiento de órgano pero sin ‘sinfonías’.