Johann David también asistió a la Thomasschule de Leipzig, institución que aún existe y que era famosa por la importancia que se le daba a la enseñanza musical. Allí estudió música con Johann Schelle y después recibió lecciones de órgano y clavicordio de Johann Kuhnau, siendo compañero del futuro compositor Christoph Graupner, que también era estudiante de Kuhnau en ese momento. Heinichen se matriculó en 1702 para estudiar leyes en la Universidad de Leipzig y en 1706 se recibió de abogado (a principios del siglo XVIII leyes era un camino preferido por los compositores; Kuhnau, Graupner y Telemann también eran abogados). Heinichen practicó leyes en Weissenfels hasta 1709. Sin embargo, Heinichen mantuvo su interés en la música y estaba componiendo óperas frecuentemente. Trabajó como compositor independiente para la corte de Weissenfels, y fue invitado a regresar a Leipzig como director de ópera, puesto que no tardó en abandonar.

Diagrama de Johann Heinichen de 1728 con un registro manual de todas las claves. Nota: En alemán B es Si bemol y H es Si.

Entre 1710 y 1716 vivió en Venecia y Roma, estudiando profundamente la ópera italiana y poniéndose en contacto con las principales personalidades musicales. En Venecia escribió dos óperas para el Teatro de San Angelo, “Mario” y “Le passioni per troppo amore”, ambas se estrenaron en 1713 con éxito. En esta ciudad entró además en contacto con muchos músicos y compositores, como Vivaldi, Lotti y Gasparini. En 1711 produjo un importante libro sobre el bajo perfecto, que fue revisado más tarde como Der Generalbass in der Composition (1728). A partir de 1717 trabajó brevemente para el Príncipe Leopold de Anhalt-Cöthen (el mismo año que Bach empezó su trabajo en la misma corte). Pronto se volvió Kapellmeister de Augusto el Fuerte, Elector de Sajonia y Rey de Polonia, en Dresden. Entre sus alumnos estuvo Johann Georg Pisendel.

La corte de Augusto II de Polonia en Dresde tenía una de las capillas musicales mejores de Europa, con compositores del nivel de Jan Dismas Zelenka, Veracini y Silvius Leopold Weiss. Algunas de sus partituras fueron escritas para ocasiones especiales en la corte de Dresde. El 10 de septiembre de 1717 se interpretó su serenata “La gara degli dei” (la competición de los dioses) para la celebración de la boda entre el futuro Augusto III de Polonia y la princesa María Josefa de la casa de Habsburgo, hija del emperador José I de Austria. La interpretación realizada en los jardines del Palacio Japonés precedió al lanzamiento de un castillo de fuegos artificiales anunciada por un conjunto de 64 trompetas. En 1721 Heinichen se casó en Weissenfels y en enero de 1723 nació su único hijo. Heinichen compuso mucha música en este periodo, pero su salud empeoró como consecuencia de la tuberculosis, muriendo de forma prematura a los 46 años. Fue enterrado en el cementerio Johannes.

Aunque sus composiciones son de gran calidad, originales, rítmicamente exuberantes e imaginativas, ha sido poco conocido durante mucho tiempo, resurgiendo en las últimas décadas. A pesar de que compuso más de 150 obras corales sacras, y su música es original, rítmicamente exuberante e imaginativa, Heinichen es recordado hoy principalmente por sus contribuciones a la teoría de la música. Gran parte de su música se perdió durante la segunda guerra mundial. Su obra póstuma fue un “Magnificat”, que merece especial atención.

Heinichen compuso obras tanto instrumentales como vocales, incluyendo casi todos los géneros conocidos en su época, conciertos, sonatas, cantatas, misas, óperas, etc. En el catálogo publicado por Seibel en 1913 se incluyen más de 250 composiciones; algunas de ellas, sin embargo, se perdieron durante la Segunda Guerra Mundial en los bombardeos de Dresde.

En el campo teórico, su principal aportación es el tratado “Der General-Bass in der Composition”. Esta obra, muy estimada por sus contemporáneos y por la cual se le llamó 'El Rameau de Alemania', trata sobre el arte de la composición y el acompañamiento con bajo continuo, adentrándose en la retórica musical y la filosofía.