Ya estaba allí en 1648 sirviendo como sacerdote y como maître de musique. En 1653 fue nombrado por decreto capellán de una de las 12 capillas de la catedral. Tres años después se describe a sí mismo como ‘simphoneta simphoniarca', es decir, maestro de música de los niños de la escuela coral, y en 1664 llegó a ser canónigo.

Se sabe que Helfer solamente compuso música sacra en latín, particularmente misas a cappella, cuatro de las cuales son sus únicas obras supervivientes. Las escribió en contrapunto escasamente ornamentado cuyas líneas melódicas son notables por su fluida elegancia. No adhirió en absoluto estrictamente al sistema modal tradicional pero hizo mucho uso de las tonalidades mayores–menores. Sus misas fueron muy estimadas por los entendidos y permanecieron largo tiempo en el repertorio de los mejores coros; algunas de ellas fueron impresas incluso hasta 1729. Además, Sébastien de Brossard, informa en su Catálogo manuscrito de 1724 que la "Missa Deliciae Regum" ‘todavía encanta a las personas con buen gusto'.

Agregando una parte de continuo, transcribió las misas "Benedicam Dominum", "Deliciae regum" e "In aeternum cantabo" hacia fines del siglo XVII. A la última mencionada le agregó incluso una pequeña orquesta. En particular la "Missa pro defunctis", publicada por Ballard en 1656 tenía una historia sorprendentemente larga. Se cantó para las honras fúnebres de Michel-Richard de Lalande en 1726. La primera de varias de las versiones manuscritas data de 1729 e incluye una parte extra de soprano y continuo. Otra, que no tiene fecha, probablemente se pensó para un servicio en St Denis por el descanso del alma del rey Luis XV en 1774; las partes vocales no fueron alteradas, pero se agregó una orquesta de cuerdas de cuatro partes con continuo. La Borde también imprimió parte de este trabajo en 1780.

El 10 de mayo de 1775, conmemorando el primer aniversario de la muerte de Luis XV, François Giroust, Maître de Chapelle de la capilla real, dirigió la Misa de difuntos de Helfer, hecho que aparece mencionado en la Gazette de France.