Puede haber estudiado música con su padre y con Philipp Friedrich Buchner. El 19 de septiembre de 1653 se matriculó como ‘physicus’ en la Universidad de Würzburg. El año siguiente llegó a ser organista y teniente de cura en la catedral de Würzburg.

En 1658 fue ordenado  sacerdote pero fue destituido en 1668 por ofensas contra la ley canónica. Sin embargo, un año más tarde el Elector y Principe-Obispo de Mainz, que mandaba también sobre Würzburg y era un destacado patrono de la música, lo envió, como su mejor entrenado músico en música litúrgica, a un nuevo puesto en Mainz, donde le encargó publicar nuevas ediciones de libros litúrgicos para uso en la diócesis de Mainz. Regresó a Würzburg antes de su muerte.

Sus libros de coros, que editó con escrupuloso cuidado, fueron: “Opus lamentationum et passionum”; “Graduale”; “Processionale”; “Praefationes; “Officium S. Angeli custodis”; “Officium defunctorum”; “Manuductio ad cantum Gregoriano-Moguntinum”; y “Extractum ex Antiphonario”; fueron impresos en Mainz entre 1671 y 1673. Permanecieron en uso durante 150 años en la diócesis de Mainz, Würzburg y Worms; ediciones producidas generosamente aparecidas en Mainz entre 1750 y 1774 fueron basadas en ellos. Heller también publicó “Sacer Concentus musicus” (Mainz, 1671), que consiste en obras instrumentales y obras vocales acompañadas: los instrumentos usados son cuerdas y continuo.

El ítem no.72 en el manuscrito Rost es una sonata para dos violines y continuo atribuida a Heller; consta de una sección en La menor, cuya autenticidad ha sido cuestionada por Moser, seguida por una en La Mayor.