El 18 de diciembre de 1599 se le concedió el ingreso para la plaza de vicario laico anteriormente ocupada por William Bath en la catedral de Winchester y la promesa de la siguiente plaza de vicario que quedara vacante. Este inusual procedimiento sugiere que Holmes fue nombrado desde el comienzo en una condición especial, probablemente como organista o maestro de coro. Hay una nota en el Batten Organbook en el sentido de que Holmes era organista de Winchester, y después de Salisbury, y que Adrian Batten (que grabó su nombre en 1608 en la capilla del obispo Gardner en la catedral de Winchester) fue por un tiempo ‘alumno’ de Holmes.

En 1613 Holmes llevó dos de sus coristas de Winchester a Salisbury para cantar con el coro de la catedral, que estaba siendo aumentado durante la permanencia de James I en la ciudad. Fue admitido como vicario laico en Salisbury en 1621 por un año a prueba y al mismo tiempo fue hecho maestro de los coristas (pero no organista). Mantuvo estos nombramientos hasta su muerte. Uno de sus tres hijos, Thomas, logró alguna distinción como organista y compositor. Holmes enseñó a Adrian Batten y Edward Lowe, más tarde organista de Christ Church y profesor de música en Oxford.

Su madrigal “Thus Bonny-boots The Birthday Celebrated” fue incluido en “The Triumphs of Oriana”, una colección de composiciones vocales publicada en 1601.

Varios de sus anthems  tienen fechas que van desde 1602 a 1610, y tres están sub encabezados ‘for the King’, sugiriendo que fueron escritos para interpretarse ante James I ya sea en Salisbury o Winchester. Su música de iglesia es de considerable interés, aun cuando es fragmentaria, porque la mayoría está en forma de verso, y tal como es alguna de la primera música de ese género que venía de las provincias. Es posible que una colección de 85 piezas para teclado en un manuscrito puedan ser la mayor parte de su mano (aunque ninguna es suya), y el formato de la colección indica que el escritor puede haber sido un alumno de William Byrd, cerca de 40 de cuyas piezas están incluidas; Weelkes también ha sido sugerido como un posible compilador.