Era hijo del famoso predicador Reformista Jeremias Homberger. Debe haber estado con su padre por lo menos durante algunos de sus años en Frankfurt (1563-68), como predicador peripatético (1568-74) y en Graz (1574-85). En 1584, sin embargo, es mencionado como alumno (alumnus) del Gymnasium Poeticum Regensburg. En 1589 estaba estudiando en la Universidad de Wittenberg.

Se sabe de nuevo sobre él en 1595 en los registros de matricula de la Universidad de Padua. Según su alumno Johannes Crüger en la dedicatoria de su “Laudes Dei vespertinae” (1645), Homberger estudió también en Venecia con Giovanni Gabrieli, pero esta afirmación no está confirmada. Posiblemente alrededor de 1596 llegó a ser profesor en el Gymnasium de Graz y por lo tanto colega de Johann Kepler, pero a causa de hostilidades religiosas ambos debieron retirarse en septiembre de 1598. Homberger entonces vivió un poco tiempo en Spitz, cerca de Krems, y en Weisskirchen, Styria, desde donde de nuevo tuvo que huir para escapar de las fuerzas armadas de la Contra Reforma.

Finalmente encontró refugio en Regensburg y trabajó hasta su muerte en el Gymnasium Poeticum, primero, desde 1601, como maestro y luego, desde 1603, como Kantor. Se retiró en 1631 o 1632. Antes del estallido de la Guerra de Treinta Años en 1618, sus deberes en el importante puesto de Kantor deben haberlo tenido particularmente ocupado, y para relevarlo de algunos de ellos la ciudad contrató a dos asistentes, uno de los cuales fue Johannes Brassicanus. 

Virtualmente toda la música existente de Homberger data de sus años en Regensburg. Las obras impresas consisten en motetes de circunstancia para uno o dos coros escritos para matrimonios y funerales, mientras algunos himnos y salmos, entre ellos una coleccion de salmos de vísperas en estilo falsobordone, sobreviven en manuscrito. Esta musica refleja bien la vida cultural de una próspera ciudad de Alemania central en la época que vio al Renacimiento dar paso a los procedimientos del Barroco. Además de una docena de himnos en alemán y en latín de 1589, la música perdida de Homberger incluye obras de homenaje a la visita del Emperador Matthias a Regensburg en 1612 y la fundación (en 1627) y dedicación (en 1631) de la Dreifaltigkeitskirche; se informó que esta pieza era  ‘sorprendentemente moderna’. En 1630 escribió un poema para celebrar la visita del Emperador Ferdinand II a Regensburg.