A los 15 años ya tenía un trabajo tocando en conciertos por la tarde del domingo en la Iglesia de Nuestra Señora (cantando bajo y violín). En 1634 o 1635 las autoridades de la ciudad concedieron a Kindermann el permiso y dinero para viajar a Italia para estudiar la nueva música. Nada se sabe de su estancia en Italia, pudo haber visitado Venecia al igual que varios otros compositores de Nuremberg (Hans Leo Hassler, Johann Philipp Krieger). En enero de 1636 el ayuntamiento ordenó a Kindermann volver a ocupar el puesto de segundo organista de la Frauenkirche. En 1640 fue contratado como organista en Schwäbisch-Hall, pero salió el mismo año para convertirse en organista de la Egidienkirche, la tercera posición más importante de su tipo en Nuremberg, después de San Sebald y San Lorenz.

Kindermann permaneció en Nuremberg por el resto de su vida, se convirtió en uno de los músicos más famosos de la ciudad y su profesor más aclamado. Entre sus alumnos estaban Johann Agricola, Agustín Pfleger, y también Schwemmer y Georg Heinrich Gaspar Wecker, quienes enseñaron a la última generación de la escuela de Nuremberg, que incluyó a los hermanos Krieger y, sobre todo, Johann Pachelbel. Kindermann también influyó en la difusión de la nueva música en Nuremberg y el sur de Alemania, la publicación no sólo de varias colecciones de su propia música, sino también obras de Giacomo Carissimi, Girolamo Frescobaldi y Tarquinio Merula.

La mayoría de las obras sobrevivientes de Kindermann son piezas vocales que reflejan la transición de las formas más antiguas a un uso más moderno de las técnicas de concertato y bajo continuo y exploran una variedad de técnicas desde motetes para coro sin instrumentos a conciertos para voces solistas basados en los conciertos seccionales de Schutz, experimentos de recitativo y diálogo (algunos de los cuales se ven hasta en las últimas obras del Barroco -por ejemplo, mediante el uso de disonancias sin preparación en el recitativo “Dum carminibus tot” para tenor y bajo continuo). Unas doscientas canciones sobreviven, en diversos textos: música homofónica sobre breves textos poéticos, canciones para una o dos voces y bajo continuo con ritornelos instrumentales, etc.  Varias piezas en manuscrito son importantes precursoras de cantatas de iglesia posteriores y pertenecen a la primera música vocal a gran escala de Nuremberg que muestra contrastantes entre los movimientos solistas y corales.

De la música para teclado, “Harmonia Orgánica” (1645) es la colección más importante, no sólo en el sentido musical, sino también en la historia de la música impresa, ya que es quizás la más antigua música alemana grabada. Se compone de 25 piezas de contrapunto. Los primeros catorce son preludios, de 15 a 20 compases de largo, sin presencia de lenguaje imitativo, cada una comenzando con todas las voces juntas. Los seis primeros abarcan todos los modos de la iglesia (Un preludio para los modos auténtico y plagal); los seis siguientes repiten esta serie transportada una quinta baja. El resto de las piezas de la colección se titulan fuga: Algunas son fugas genuinas y otras se basan en melodías corales y las utilizan en una variedad de maneras, a veces una frase responde a otra, otras veces la segunda frase se puede utilizar para un interludio, etc. Hay modelos que más tarde serían ampliamente utilizados por importantes compositores alemanes, sobre todo Johann Pachelbel y Johann Sebastian Bach.

La música de cámara más importante de Kindermann es tal vez la colección “Canzoni, sonatae” (1653), que incluye uno de los primeros, si no el primer uso de scordatura en Alemania. Las piezas de la colección pueden ser vistas como precursoras de las obras de Heinrich von Biber, todas constan de varias secciones contrastantes, como en obras similares de Frescobaldi. Gran parte de la otra música de cámara, para instrumentos de viento y de cuerda, sigue el modelo de las piezas de Staden. También hay evidencia de la pérdida de algunas colecciones de música de cámara.

Fue el compositor más importante de la escuela de Nuremberg en la primera mitad del siglo XVII.