Completó sus estudios en 1625 y llegó a ser miembro de la gran congregación Mariana. Ordenado sacerdote en 1630, fue nombrado capellán privado en la capilla de Warttenberg, Munich, el año siguiente, y en 1634 recibió la prebenda de los Tres Reyes en la Peterskirche de allí. Conservó estas dos posiciones por el resto de su vida. 

Khuen perteneció al círculo de Jacobus Balde en Munich. La producción de Khuen consiste casi exclusivamente en poemas religiosos, para los cuales también escribió la música. Por regla general consistentes en 12 stanzas y organizados en ciclos de 12 poemas cada uno, aparecieron principalmente en dos grandes colecciones, el “Epithalamium Marianum” (1636, ampliado en 1644) y “Tabernacula pastorum” (1650-55). La Virgen María como santa patrona de Bavaria fue el foco de la devota práctica local. Khuen armó sus obras sobre la tradición de una canción religiosa popular tipo letanía, combinando sus elementos con la antigua monodia italiana que había divulgado el predecesor de Khuen en la Peterskirche, Georg Victorinus.

Khuen también usó a menudo modelos seculares, como los que se encuentran en “Tabernacula pastorum”. Su estilo poético, aunque gusta de la imaginería de las flores, joyas y música, es ingenuo y simple y armoniza con su uso del lenguaje bávaro. Su desarrollo como compositor muestra el gradual abandono de los rasgos tradicionales (modalidad, frecuente tres tiempos) en favor de características tales de la antigua monodia, como tonalidad mayor-menor y melodía más expresiva, rítmicamente variada. La obra de Khuen sobrepasa lejos cualquier poesía religiosa católica previa en lo vernácula; influenció a poetas tales como Procopins von Templin, Albert Poissl, Abraham Megerle y Maria Antonia Walpurgis. El Romanticismo alemán saboreó su provincianismo, y Clemens Brentano incluyó dos de sus  canciones  en su “Des Knaben Wunderhorn” de 1808. Algunas de las canciones de Khuen se cantan todavía en iglesias católicas de Bavaria.