Lully lo contrató como su secretario y como marcador de compás en la Opéra. También solía pedirle que completara las partes internas de algunas de sus obras. Cuando se supo que se había jactado de haber escrito algunas de las mejores partes del "Isis" de Lully (1677) fue despedido. "Isis", sin embargo, disgustó a Luis XIV debido a su sutil y enmascarado retrato poco halagüeño de Mme de Montespan en el personaje de Juno. La obra fue retirada, para no ser realizada de nuevo hasta 1704, y Philippe Quinault, el libretista, fue despedido. Lully salió indemne del asunto, y hay que preguntarse si Lallouette fue una víctima propiciatoria.

El 18 de abril de 1678 fue nombrado en la corte de Saboya en Turín como compositor de música francesa y director de la banda de violines. Fue despedido en julio de 1679, posiblemente porque durante un año había producido sólo una composición, una serenata del tres-partes realizada el 14 de mayo de 1678. Probablemente volvió a París, donde pronto compuso una ópera; el  27 de enero de 1681 el secretario del rey escribió a un M. de la Régnie informándole que el rey prohibía nuevas presentaciones suyas en sus tierras porque había violado el privilegio de Lully.

Lallouette compitió sin éxito en abril de 1683 para uno de los cuatro puestos de sous-maître en la capilla real. El puesto se otorgó a Pascal Collasse, que lo había sucedido como secretario de Lully; es probable que Lully interviniera en el nombramiento de Collasse y contra Lallouette. 

Poco se sabe de las actividades de Lallouette desde 1683 a 1693. Hizo una visita a Roma en 1689 y mientras estaba allí compuso un concierto en estilo italiano que se interpretó por lo menos una vez. Está establecido que en 1692 estaba viviendo cerca de St Germain-l'Auxerrois, París, y  puede haber estado allí empleado. El 7 de diciembre de 1693 fue nombrado maestro de coro de la Catedral de Rouen, venciendo a Nicolas Bernier para el puesto; permaneció allí hasta el 15 de febrero de 1695.

Hay desacuerdo sobre su paradero entre 1695 y 1700. Una fuente lo ubica en St Germain-l'Auxerrois desde septiembre de 1695 y ocupado con una ópera de cuatro actos, "Europa"; otra lo menciona en Notre Dame, Versailles, en 1695-7 y en St Germain-l'Auxerrois sólo en 1697-8. . Con seguridad, el 17 de noviembre de 1700 fue nombrado sucesor de André Campra como maestro de coro de Notre Dame, París. Pidió ser exonerado en 1716 alegando fatiga, aunque el capítulo le había dado vacaciones anuales sin precedentes y en 1706 incluso habían empleado un ayudante para que él frecuentemente pudiera estar ausente. Su renuncia fue aceptada, y se hizo canónigo de St Jean-le-Rond.

A comienzos de 1718, sin embargo, pidió ser reintegrado como maestro de coro, afirmando que su música no era bien interpretada; reasumió sus deberes el 5 de marzo. Su "Miserere" fue estrenado en el Concert Spirituel en 1726. Finalmente se retiró el 22 de enero de 1727 y se le concedió una pensión anual de 400 libras. El 9 de julio de 1727 el capítulo aceptó el regalo de toda su música para ser puesta en los archivos.

Lallouette fue en su tiempo un respetado y popular músico y maestro. Se pensaba que sus obras eran bien compuestas y desplegaban una cierta originalidad, aunque se decía que la música sacra adolecía de su mal conocimiento del latín.