Su padre, que llevaba el mismo nombre, era el guardián de la torre en Steyr. Lauffensteiner hijo fue un eminente laudista activo en la corte de Baviera, donde pasó gran parte de su carrera al servicio del elector de Baviera en Munich. Algunas de sus composiciones de para laúd han sobrevivido.

Alrededor de 1709 había obtenido un puesto de laudista en Graz, y desde 1712 estuvo al servicio de la corte bávara. En 1715 entró en el servicio privado del duque Ferdinand. En 1739, a la muerte del duque, se le concedió una pensión. Más tarde fue nombrado consejero de cámara (Hofkammerrat) por el duque Clemens August, Arzobispo de Colonia, por sus servicios a la Casa electoral de Baviera.

Las obras existentes de Lauffensteiner, tanto para laúd sólo como para conjuntos de cámara suelen tomar las formas de suite o partita. Su música es generalmente muy idiomática para el laúd, al estilo alemán, es decir, uniendo formas tradicionales francesas, texturas y ornamentos con melodía cantabile italiana sobre una línea de bajo continuo. En total más de 100 movimientos sobreviven.

Lauffensteiner es visto como un precursor estilístico de Silvius Leopold Weiss, a quien su música es equivocadamente atribuida con  frecuencia en fuentes manuscritas -ilustrativo de su alta calidad en la estimación de sus contemporáneos.