Estudió en el claustro de la catedral de Lisboa con el maestro Duarte Lobo y en 1610, después de dominar varios instrumentos, se unió a su padre, Lope Machado, arpista, en la capilla real de Madrid. El 31 de agosto de 1639 fue nombrado músico de la cámara real de Felipe IV. El 10 de agosto de 1642 se le premió ‘por sus largos servicios y por los de su padre' con emolumentos adicionales, pagaderos contra la Casa de fondos de Borgoña.

Machado compuso principalmente cantigas polifónicas y romanzas en un estilo barroco temprano, pero muy pocas de sus obras se conservan ya que la mayoría resultaron destruidas durante el terremoto de Lisboa de 1755. Todas sus 20 obras existentes son canciones seculares con textos españoles, que igualan en expresión a las de los compositores españoles de la época. Sus armonías son sumamente ricas y sus cambios de medida y tiempo reflejan los cambiantes estados de ánimo de la poesía amorosa a la que puso música.

Tanto en la patética "Bien podéis coraçón mio" (marcado despacio), en  "Salió a la fuente Jacinta" con su doble 'entendre' o en la airosa "Qué entonadilla que estaba la picara" (marcado picadito el compás), él siempre encontró en forma precisa los medios musicales correctos para subrayar el sentido. Agregó estribillos y coplas a sus romances, adhiriendo así a la práctica formal Barroca más en boga.

Sus villancicos de Navidad en la biblioteca del Rey João IV incluyen un negro que adhiere al llamado africano y práctica de la contestación; un solista que es contestado por un coro de ocho voces, "Manuelica sa en Bele”, “Turo pleto".