Después de ocupar varios puestos en Eichstätt, Regensburg y Passau, entró en 1683 a la corte de Munich. El Elector de Baviera Maximilian II Emanuel, reconociendo su talento como compositor, lo envió a París para estudiar con Lully. A su regreso a Munich en 1685 su puesto fue todavía de violinista y músico de cámara, pero también estuvo activo como compositor. El estallido de la Guerra de Sucesión española casi  trajo la vida musical de la corte de Munich a una detención, y en 1706 dejó Munich para volver a Freising, esta vez como Kapellmeister. Aquí continuó escribiendo música de iglesia y de cámara, y también óperas escolares para los estudiantes del seminario episcopal.

Entre la música listada en un inventario de la capilla de la corte de Freising en 1710 hay misas de muchos de los compositores importantes de Munich  de finales del siglo XVII –Johann Christoph Pez, la familia Bernabei y en particular Johann Kaspar Kerll, que fue principalmente responsable por traer el estilo concertato italiano de música de iglesia a Munich: a pesar de su estancia en París las influencias en la música de iglesia de Mayr parecen ser italianas en lugar de francesas. Sus ofertorios y salmos, aunque publicados respectivamente en 1702 y 1706, parecen pertenecer más a mediados del siglo XVII que a comienzos del XVIII. Esto es particularmente notable en la forma de las frases melódicas cortas con las que  construyó a menudo sus texturas corales y en su manejo muy fluido del tiempo triple.

La característica principal de los ofertorios de Mayr es su integración temática íntima en la que las voces e instrumentos comparten igualmente. "Dominus regnavit" consiste en varias secciones cortas, cada una basada en uno o dos temas cortos, que son tratados exhaustivamente por varias combinaciones de voces solas y en tutti, y violines.

La escritura de solos en las óperas de escuela de Mayr muestra la influencia de Carissimi y sus seguidores. Es en su última música instrumental donde pueden verse  claramente los efectos de su visita a París.