Estudió teología en Leipzig en 1669 y luego en Jena pero pronto se hizo cantante profesional. Estaba empleado como cantante de la corte en Gotha en 1671, en Bremen en 1672–73, en Hamburgo en 1673 y en Copenhague y Lübeck (donde conoció a Buxtehude) en 1674. Desde 1674 a 1680 fue Kantor en el Gymnasium de Reval (ahora Tallinn). Después de una estancia en Riga en 1685–6 sucedió a Balthasar Erben como Kapellmeister de la Marienkirche, Danzig, en 1687.

Edición discográfica de "La pasión según San Mateo" de Johann Valentin Meder

En 1698 el consejo de la ciudad de Danzig se negó a permitir una representación de su ópera "Die wiederverehligte Coelia". La había realizado en cambio en el pueblo cercano de Schottland, lo que lo llevó a ser despedido de su puesto. Después de un corto tiempo empleado como Kantor en la catedral de Königsberg, se fue en 1700 a Riga, donde ocupó un puesto similar hasta su muerte.

Según Mattheson, Meder era cantante de reputación, organista excelente y un compositor notable. Conoció italianos en su juventud y estaba familiarizado con la música de compositores italianos como Carissimi y Antonio Cesti. Pero durante las guerras en las que el rey sueco se vio envuelto durante muchos años, Meder, como señala Mattheson, se habría hecho  probablemente director de música en la corte sueca en Estocolmo.

De cuatro obras para la escena que se sabe que escribió Meder sólo "Die beständige Argenia" sobrevive, presentada en Reval en 1680 por los estudiantes del Gymnasium. Dedicada al rey sueco recientemente casado, Carl XI, y su reina, revela su hábil manejo del recitativo y el arioso, y de las canciones estróficas que predominan sobre las formas más grandes como el aria compuesta de principio a fin. Su "Nero" fue la primera ópera alemana en ser realizada en Danzig, en noviembre de 1695; está endeudada con la ópera de N. A. Strungk del mismo nombre (1693), porque él no sólo usó el mismo texto sino algunas de las arias de Strungk también.

Como compositor de música sacra Meder muestra en algun grado la influencia de Buxtehude. Mucha de su producción en este campo está perdida. De las obras supervivientes una de las más notables es su "Passions oratorium" de 1700. Incluye varios corales interpolados, puestos en música como solos, dúos y coros; y, anticipándose al tratamiento de Bach, las palabras de Jesús son normalmente escritas como arioso. El trabajo incluye un buen trato de escritura lírica y está bastante alejado del estilo más formal del norte de Alemania.