La decadencia de toda la vida nacional después de la Batalla de la Montaña Blanca, y especialmente la ruina del arte de la música lo tocaron dolorosamente, animándolo a escribir sus obras más famosas. Entre 1611–12 y entre 1615–17  estudió en el Gymnasium Jesuita de  Jindrichuv Hradec. Probablemente estudió también en el seminario de San Bienvenido, de acuerdo a una referencia de 1673.

Sólo pocos hechos comprobables se conocen sobre su vida posterior. Desde 1645 Michna fue empleado como organista en la iglesia proboste en Jindrichuv Hradec. Ayudó a mejorar la vida musical en esa ciudad.

Se conocen aproximadamente 230 de sus composiciones de tres colecciones checas y dos  latinas. Las más conocidas son sus tres ciclos de himnos, "Ceská mariánská muzika" "Loutna ceská" y "Svatorocní muzika". Su  “Píseň o sv. Mikuláši“ (canción de San Nicholas) está fechada a fines del año 1688, pero fue probablemente una reimpresión póstuma. Michna compuso música vocal así como música vocal instrumental, con sus propios textos. Fue el primer creador de canciones sacras checas. Algunas de sus canciones son bien conocidos, por ejemplo el villancico "Chtíc, aby spal" (Queriendo que duerma). Es posible que Michna estuviera familiarizado con las antiguas técnicas de composición barroca italiana.

Muchas de sus canciones fueron publicadas en otros libros de himnos, a veces como anécdotas, por ejemplo, “Vánoční noc“ (Noche de Navidad), también conocida como “Chtíc, aby spal“. La obra poética y musical de Michna es a  través de su simpleza y una cierta ingenuidad -o tal vez sólo por ello- de lo mejor que ha quedado en el campo del barroco checo.