Su padre era un próspero comerciante de seda de Avignon. Violinista aficionado, reconoció las precoces habilidades musicales de su hijo y le proporcionó una excelente educación. Mouret padre apoyó generosamente la decisión de su hijo para seguir una carrera musical. Puede haber estudiado en la escuela del coro de Notre Dame des Doms en Avignon. Joven aún, Jean-Joseph demostró ser un cantante talentoso mientras también ganaba éxito por sus composiciones.

Alrededor de los veinticinco años, en 1707, Mouret se estableció en París. Las noticias de su llegada no tardaron mucho tiempo en extenderse y se presentó a Ana, Duquesa de Maine, cuyo salón en Sceaux era un centro de la sociedad refinada en los últimos años de Luis XIV. El duque de Maine era hijo de Luis XIV con la Marquesa de Montespan, Su carácter genial le ayudó fuertemente a afianzar el patrocinio de la Duquesa, quien lo hizo su Surintendant de la musique en Sceaux aproximadamente en 1708.

Palacio de las Tullerías, París. En su segundo piso se realizaron los primeros Concert Spìrituels

Se casó en 1711 y de su matrimonio nació una hija. Junto con Bernier, Marchand, Bourgueois, Colin de Blamont y Courbois compuso la música para las celebradas 'Grandes Nuits' de la Duquesa de Maine (1714-15), para las que produjo interludios y cantatas alegóricas en la tradición de las mascaradas de la corte, y otra música, para el público más selecto de Francia. Mouret lanzó así su carrera de adulto bajo auspicios muy favorables. La primera ópera de Mouret, "Les fêtes" o "Le triomphe de Thalie", se dio en la Opéra el 19 de agosto de 1714.

Mouret mantuvo en la corte un puesto como cantante, y dirigió los grandes divertissements ofrecidos por el Regente, el duque de Orléans en su château de Villers-Cotterêts con ocasión de la mayoría de edad de Luis XV en 1722.

En París colaboró con la Académie Royale de Musique. Dirigió la orquesta de la Opéra de Paris entre 1714 y 1718, compuso música  y dirigió el Nouveau Théâtre Italien du Palais-Royal (1717-37) para el que compuso divertissements que acompañaron, por ejemplo, las tiernas comedias de Marivaux, y que, impresas, llenan seis volúmenes. Llegó a componer unos 140 divertissements durante los 20 años siguientes.  Paralelamente era director de la serie de conciertos establecidos por la orquesta de la Opéra, los Concert Spirituel (1728-34), puestos que le ayudaron a mantener un buen caudal de público para su propia música y que le permitieron vivir en la abundancia.  

Edición discográfica de la ópera "Les Amours de Ragonde" de Jean-Joseph Mouret

Después de la muerte del Duque de Maine en 1736 Mouret ya no se quedó en Sceaux, y en 1737  perdió su puesto en la Comédie-Italienne. Quedaba así sin empleo y dependiendo de la bondad de amigos tales como el Príncipe de Carignan que le dio una pensión de 1000 libras. Las primeras señales de su locura se notaron en 1737; en virtud de un orden real del 14 de abril de 1738 lo enviaron a los Padres de la Caridad en Charenton-le-Pont, donde murió hundido en la pobreza ocho meses después.  
Mouret compuso principalmente para la escena. Contribuyó a la emergencia de los géneros claramente franceses de la tragedia lírica y la ópera-ballet pero sus celos por la estrella creciente de Jean-Philippe Rameau lo llevaron a la amargura y la locura en las que acabó sus días.

Mouret también escribió airs, divertissements, cantatilles, motetes y obras instrumentales (sonatas, fanfarrias). Entre sus otras composiciones, las dos Suites de sinfonías (1729) merecen mención especial. La primera suite, renombrada por el tema de su obra maestra, se titula "Fanfarria para  trompetas, timbales, violines y oboes" y fue dedicada al hijo de la Duquesa de Maine, el Príncipe de Dombes. El Concert Spirituel, dirigido por el propio Mouret, dio la primera interpretación de esta colección. La segunda suite, escrita para violines, oboes y cornos, se interpretó por primera vez en el Hôtel de Ville ante el Rey Luis XV.

Sus trabajos dramáticos le hicieron uno de los exponentes principales de la música Barroca en su país. Aunque la mayoría de sus obras ya no se interpretan, el nombre de Mouret sobrevive hoy gracias a la popularidad de la Fanfarria-Rondeau de su primera Suite de sinfonías, que se han adoptado como la melodía del programa Masterpiece PBS y se ha convertido en una opción musical popular en muchas bodas modernas.