Hijo de Bartolomeo Pacchioni y de Lucia Bartolomasi, fue bautizado el 5 de julio de 1654.Se formó, vivió y trabajó en la ciudad natal de Módena. Estudió canto con Marzio Erculeo, contrapunto con Agostino Bendinelli (II) y composición y violín con Giovanni Maria Bononcini. En vano aspirante a cantante en la catedral ya en 1669, en 1674 pidiendo un puesto de organista de hecho nunca considerado a pesar del apoyo de Cesare d'Este (tal vez el influyente tío abuelo del adolescente de catorce años Francisco II).

En 1677 entró al sacerdocio en San Carlo, Módena, y el 24 de mayo de 1679 fue admitido a la 'mensa comune' (una congregación de sacerdotes músicos) de San Carlo, que operaba un importante colegio para educación musical en Módena. Entre 1677 y 1682 produjo tres oratorios para darlos en el Oratorio de San Carlo. Recomendado en vano por Rinaldo (todavía no duque) en 1678, recién el 28 de septiembre de 1694 sucedió a Giuseppe Colombi como maestro di cappella de la Catedral de Módena. Su permanencia fue tormentosa: retuvo la posición hasta su muerte pero sólo gracias a la intervención del duque Rinaldo I d'Este, en cuyo servicio estaba empleado simultáneamente. Se convirtió en mansionario en la catedral el 1 de julio de 1695 y vice-maestro di cappella en la corte ducal el 1 de diciembre de 1699. Sirvió bajo Antonio Giannettini, a quien sucedió como maestro di cappella el 15 de enero de 1722, inicialmente junto con Antonio Bononcini (nombrado en 1721), luego, a la muerte de éste (1726), solo; también ocupó este cargo hasta su muerte.

Catedral de Módena

Parece haber estado, con Francesco Barbieri, Antonio Bononcini y Giacomo Antonio Perti, entre los examinadores de las pruebas escritas para el nombramiento de maestro di cappella de la catedral de Milán en 1714. En 1720 y especialmente en 1728, fricciones por motivos de servicio (pero también debido a su temperamento) pusieron en riesgo el cargo en la catedral, que pudo retener sólo gracias al duque Rinaldo. El "Indice di libri e d’autori di musica" del padre Giambattista Martini declara a Pacchioni maestro di cappella 'de la Comunidad' y en otras iglesias; dos de sus salarios figuran en 1731 y 1732 en un periódico de costo de San Domenico en el Archivo del Estado de Modena, pero son datos aislados que no dan testimonio de una actividad continua. En 1732-33, junto con Giuseppe Ottavio Pitoni, arbitró en una disputa entre Giovanni Battista Martini y Tommaso Redi sobre la solución de un enigmático canon de Paolo Animuccia, dando la razón al Padre Martini. Tomasso Antonio Vitali, que se casó con una sobrina suya, fue uno de sus alumnos de contrapunto.

Los oratorios de Pacchioni están entre los primeros en ser presentados en el área de Módena, y su perdido "Sant'Antonio abbate", presentado en el oratorio de San Carlo en 1677, bien puede haber sido el primero en una sucesión extraordinaria de oratorios realizada en la corte ducal bajo Francesco II d'Este, que admiraba especialmente el género. Sus oratorios se caracterizan por una alta proporción de arias estróficas; algunos son acompañados instrumentalmente, y los comienzos 'motto' son frecuentes. Todos usan un narrador e incluyen uno o más coros, cantados por conjuntos de los personajes. En una época en que era común usar coros sólo para terminar las dos partes de un oratorio, Pacchioni los usó extensamente en dos de sus obras. Sus obras a cappella, hasta donde se han estudiado, muestran que era un contrapuntista experto que despertó la admiración de Martini, pero también escribió en el estilo concertante. Las partituras de los dos oratorios existentes presentan arias con instrumentos y un uso incisivo de coros bien articulados, ricos en finezas contrapuntísticas; en el estilo a cappella, un contrapunto experto y no artificioso; en el concertante, una amplia gama de medios técnicos y expresivos.

Un dibujo sin fecha (Bolonia, Museo de la Música), dibujado a partir de un grabado de Ferdinando Gabardi, representa a Pacchioni: pero es un testimonio tardío, entre fines del siglo XVIII y principios del siglo XIX. Murió en Módena y fue enterrado el 16 de julio de 1738; en el libro de los difuntos se lee: 'de 84 años y 13 días'.