No se conocen los nombres de los padres ni su fecha de nacimiento. Tío materno suyo era el famoso compositor Giovanni Ghizzolo. Diversa información se deriva de las dedicatorias de sus obras musicales. Particularmente significativa es la epístola inserta en "Le quattro parti delle tre Magnificat… Opera nona" de 1679, edición un tiempo presente en el Archivo de la Catedral de Brescia, pero imposible de encontrar hoy en día: el autor declaraba allí haber nacido en Brescia, y que había aprendido los primeros elementos musicales del "Sr. Turini ", identificable con el compositor Francesco Turini, nacido en 1590 y organista de la Catedral al menos desde 1621. Con el apoyo de Ghizzolo, que desde 1618 hasta 1622 fue director de coro en Rávena empleado por el cardenal Pietro Aldobrandini, Pasini fue llevado por él a Roma posiblemente en 1623. En 1624 se trasladó a Venecia, con una dedicatoria a Carlo Emanuele Madruzzo, futuro príncipe y obispo de Trento, la primera colección impresa de Pasini: "Messa et salmi concertati a cinque voci con il basso continuo". En esta fuente se indica que Stefano Pasini, llamado 'il Ghizzolo' se declaraba ciudadano de Brescia y organista de la egregia comunidad de Ghedi, en la Baja Brescia. Trabajó durante un tiempo como sacerdote en la iglesia de Cona, cerca de Chioggia.

Once años más tarde, en una publicación de las "Messe a quatro da concerto e capella, et per li defunti,… Opera quarta" (1635, reimpresa en 1642), el autor era organista de la gran comunidad de Lonato, cerca del lago de Garda. Pasini dedicó estas otras composiciones al cardenal milanés Teodoro Trivulzio: aunque en ese momento el organista no conocía personalmente al cardenal, sin embargo, se las arregló para ganar su confianza y, finalmente, se convirtió en su maestro di cappella. La colección de "Motetti a 2, 3, 4 concertati… Opera sesta", publicada en 1651, atestigua una transición: en esa ocasión el músico se calificó como maestro di cappella de Salò, pero todavía una vez más rindió tributo al anterior patrono con un "Pater noster" 'composto a commando del… Card. Trivultio' cuando aún estaba en sus dependencias. Los documentos de los archivos de Salò muestran que Pasini fue elegido maestro di cappella el 26 de diciembre de 1638. El cargo en el Duomo de Salò coincidió con un período turbulento e infeliz. Al despedirse de Trivulzio, Pasini recuerda, en su carta autobiográfica de 1679, haber sido llamado por el infortunio de su familia a permanecer en Salò, donde fue expuesto a fieras persecuciones de enemigos mal vivientes, que llegarían incluso a amenazarle con la muerte.

En 1653 remitió a los miembros del culto divino diversas peticiones para tratar, pero en vano, de mejorar su exiguo sueldo. A pesar de todo, parece haber seguido viviendo en Salò, aunque cargado de tantas preocupaciones no pudo dar a imprimir ninguna composición durante más de veinte años. No fue sino hasta 1677 que vio la luz en Venecia su Op. 7: "Guida e consequenti dell’opra composta in canoni… cioè Salmi a 4 voci… e due Sonate a tre instrumenti similmente in canoni con alcune curiosità spirituali", una ambiciosa colección de salmos en forma de canon y otras 'curiosidades espirituales' dedicadas al emperador Leopoldo I de Habsburgo, gran amante de la música y él mismo compositor.

Entre las curiosidades espirituales del Op. 7 se encuentra un canon a dos voces en movimiento contrario de la significación simbólica: una parte representa a la Santísima Virgen con el 'obrar bien' y la otra al demonio con 'el pecar'. El año siguiente apareció una no menos singular colección de sonatas de cámara para violín, dedicadas con gran agradecimiento a los diputados alcaldes y concejales de Lonato, el mismo lugar que había acogido a Pasini de joven y donde el anciano músico finalmente pudo encontrar la paz y la serenidad. Este Op. 8 contiene "Sonate a 2, 3, 4 instrumenti de’ quali una è composta in canone et un’altra ad immitatione di versi che sogliono fare diversi animali brutti" (Venecia, 1679). En la "Sonata La Grega aparecen imitaciones de diferentes animales (ruiseñor, gallinazzo, gallinas, cucú, sapo), eco tardío de la moda inaugurada en el "Capriccio stravagante" de Carlo Farina, luego extendido a la zona alemana. Luego del mencionado Op. 9 (Las cuatro partes de los tres "Magnificat a 4, 5 voci da capella in tre stili differenti", Venecia, 1679, perdido), con una dedicatoria a los canónigos de la catedral de Brescia, se pierde la pista de Pasini. Se supone que murió en Lonato.

De acuerdo a la dedicatoria de sus sonatas (1679) parece que tuvo que renunciar a sus actividades musicales durante un tiempo antes de volver a Lonato, presumiblemente en la vejez. En esa dedicatoria, dirigida a las autoridades de la ciudad de Lonato, mencionaba a los compositores G. A. Bertoli, G.M. Lanfranco y Pietro Verdina, pero no a su tío Giovanni Ghizzolo, cuyo nombre comparte como un apodo. Pasini era claramente un compositor con inventiva, cuyas publicaciones sobrevivientes muestran que estaba interesado en la escritura en los estilos de prima y seconda pratica.

Compositor muy poco conocido más allá del ámbito local, Pasini se inserta bien, con aportes originales y a veces extraños, en el rico acerbo musical del siglo XVII en Brescia. La adopción del estilo concertato en la música sacra y el interés en la sonata para violín lo hacen un digno contemporáneo del más famoso Biagio Marini. Entre sus características distintivas hubo una notable erudición literaria y un raro interés en los artificios canónicos. De un total de nueve colecciones impresas, ahora son imposibles de rastrear los datos bibliográficos de los opus 2, 3 y 5. No hay ninguna razón para creer que había una relación entre Pasini y un Giovanni Battista Pasino, autor del "Officio et Messa per li morti" (Brescia, 1630), que en el frontispicio de la obra se declara 'cremonés de Casalbuttano'.