Probablemente nació en una familia noble, pero no se conocen los nombres de los padres; se le describe como 'nobile cossentino' en su publicación de 1615. Estudió en Roma y parece haber pasado algún tiempo en o alrededor de esa ciudad. Hasta 1618, en sus obras impresas el apellido aparece como Pascale. No se sabe nada de la primera etapa de su vida, durante la cual se habría encontrado con una situación adversa, como se refleja en la dedicatoria (15 de junio de 1615) del "Primo libro di Madrigali a cinque voci", publicado en Venecia por Giacomo Vincenti: 'nell’esser io agitato da contraria fortuna, e giunto alfine a felice e desiato porto'. El dedicatario es Ercole Marescotti Gonzaga, probablemente hijo del senador Bartolomeo, que en Bolonia incursionó en la poesía. Pasquali fue invitado por algún tiempo en la casa de Marescotti, como se desprende de una carta de este último enviada a la corte de Mantua, en que el remitente se refiere a 'algunos madrigales dedicados a mi con el título y emblema Gonzaga del joven virtuoso que alojó en mi casa este año, y aparece en ellos con música un soneto mio' (carta de 28 de julio de 1615, Archivos del Estado de Mantua).

La colección contiene 20 madrigales sobre poemas de Battista Guarini, Giovanni Battista Marino, Francesco Rasi y Gasparo Torelli (seis piezas son 'concertati nel clavicembalo'); entre los textos restantes se encuentra también el que escribió el dedicatario. De todas las obras impresas de Pasquali este es el único caso en que, en el título del frontispicio, el autor añadió la indicación 'nobile cossentino': en obras posteriores se indica sólo la ciudad de origen, no el estatus. Entre marzo de 1616 y agosto de 1617 Pasquali estaba activo en Santa María di Provenzano en Siena; precisamente a la Madonna di Provenzano está dedicada la segunda obra impresa: "Sacrae Cantiones Binis, ternis, quaternis, quinisque vocibus concinendae, cum ad organum" (Venecia, Giacomo Vincenti, 1617). De género sacro es también la tercera obra, "Cantiones Binis, ternis, quaternisque vocibus ... et Missa quinque vocibus, una cum bassum ad organum", publicada en Roma por Giovanni Battista Robletti en 1618. La colección está dedicada a sor Deodata Egidi, abadesa del Monasterio de la Beata Chiara en Montefalco, en Spoleto, de una familia influyente de esta ciudad. En el texto de la dedicatoria Pasquali se refiere a su propia visita a Montefalco. La colección contiene 12 motetes de 2 a 4 voces y una misa para 5 voces, todas con bajo continuo para órgano.

En 1618 también fue publicada la cuarta obra, "Madrigali a 5 voci, libro secondo" (Venecia, Vincenti), dedicada a Giovanni Paolo Veglia. Entre los autores de los poemas musicados, adermás de Guarini y Marino, también aparece Ridolfo Campeggi y sobre todo Guido Casoni, con siete odas. En la colección de 21 madrigales, a diferencia del primer libro, no se prevé el uso de bajo continuo. Desde 1622 (tal vez antes) fue maestro di cappella en la catedral de Viterbo, cargo que ocupó hasta 1631 (cuando fue sustituido por Gabriele Sarleti) con un sueldo de 50 coronas anuales. Al obispo de Viterbo y Toscanella, el cardenal Tiberio Muti, a quien sirvió durante muchos años, está dedicada la quinta obra, "Madrigali a 1, 2, 3, 4 e 5 voci col basso continuo necessario alla maggior parte di essi, libro terzo", publicado en Roma en 1627 por Paolo Masotti (aquí por primera vez el autor se firma como Pasquali en lugar de Pascale).

Esta colección, la única que se conserva completa, incluye 23 composiciones (algunas aún sobre textos de Rasi y de Marino, incluyendo algunas octavas de Adone). A diferencia de los dos libros de madrigales anteriores, se compone de composiciones para varios cuerpos, de una a cinco voces, en estilo concertato. Sólo los últimos cinco madrigales (todos para 5 voces) no incluyen el bajo continuo y no son concertadas. El madrigal a dos voces "Feritevi, ferite" (texto de Marino) ya había sido publicado (con pequeñas variaciones) en un colectivo "Il maggio fiorito" (por Giovan Battista Rocchigiani, libro primero, Orvieto, Michelangelo Fei y Rinaldo Ruuli, 1623), que tampoco informa los nombres de los compositores (figura también Claudio Monteverdi, con el "Lamento d'Arianna" monodico).

Un Cecco Pasquali, tal vez homónimo, estuvo activo como cantante en Asís entre 1628 y 1629. Desde Viterbo Pasquali se trasladó a Todi, donde, a partir del 21 de abril de 1631 al 3 de febrero de 1632, fue maestro de la catedral. En 1632 estuvo probablemente activo en Ancona: desde esa ciudad firmó la dedicatoria de la sexta y última obra, "Varie musiche a una, 2, 3, 4 e cinque voci, concertate col bassi continuo" (Orvieto, G.B. Robletti, 1633). La dedicatoria, del 20 de diciembre de 1632, está dirigida de nuevo al cardenal Muti, con cuyo nombre se titula expresamente el tema de apertura (un soneto en el que el compositor invoca en primera persona la protección del prelado, citándolo por su nombre); evidentemente, terminado el cargo en la capilla de Viterbo, Pasquali estaba bajo su protección.

Entre las 25 composiciones, llamadas 'canzonette' en las partes del canto primo y canto segundo (los únicos conservados), también hay una 'partita sopra la romanesca' (completa: la parte del canto primo contiene el bajo continuo) compuesta sobre otra octava del "Adone", seis 'villanelle' (también completas, con el bajo continuo en la parte del canto secondo), y un 'dialogo a tre'. Guarini, Marino, Cesare Rinaldi, Ottavio Rinuccini y Jacopo Sannazzaro son algunos de los autores de los poemas. Posteriormente Pasquali participó sin éxito en el concurso para maestro di cappella de la Catedral de Urbino, el 6 de marzo de 1633 y el 22 de junio de 1635. En mayo de 1638 fue maestro di cappella de Orte con motivo del traslado de los cuerpos de los mártires Quirino y Dionisio. Entre 1640 y 1644 fue director del coro de la iglesia del convento de los Cavalieri di Santo Stefano en Pisa. No hay más noticias sobre Pasquali: la fecha de la muerte es desconocida. Sus libros de música secular, de los cuales sólo el de 1627 sobrevive completo, reflejan el cambio contemporáneo en interés de lo polifónico sobre el madrigal concertato, el diálogo y la canción solista. El diálogo de cuatro partes "Che fai, Tirsi gentile" (1627) revela a Pasquali como competente compositor en el estilo romano.