Nada se sabe de su formación musical: puede haber sido alumno de Agostino Filippucci, padre noble de la escuela boloñesa. Las etapas de su primavera profesional y de la carrera completa -caracterizadas por la movilidad típica de los frailes músicos- están parcialmente documentadas por él mismo: indica por lo general el lugar y fecha de composición de sus manuscritos, y en el último año de vida elaboró un inventario detallado del material de música que poseía.

Desde 1662 a 1663 fue organista de Ferrara; algunas autoridades lo tuvieron en Correggio en 1663, Bolonia en 1664 y Rávena en 1666, pero fue sin duda el maestro di cappella de San Francesco, Bolonia, desde 1666 hasta 1672. Allí fue por diez años maestro di cappella. Está indicado como tal el 17 de diciembre de 1667, cuando propuso con éxito a Giovanni Paolo Colonna como organista, y el 16 de mayo de 1671, cuando los padres evaluaron la concesión de un emolumento por servicios extraordinarios prestados y por haber publicado sus primeras dos obras, ambas en Bolonia en 1671: "Salmi concertati a 3, 4, 5 e 6 voci, parte con violini e parte senza, con letanie della Beata Vergine a 5 voci con due violini"(dedicado a Giacomo Maria Marchesini) y "Antifone della Beata Vergine a voce sola, comode per tutte le parti" (dedicado a Anna Isabella Gonzaga, nueva duquesa consorte de Mantua). Siguió en breve una tercera obra: "Compieta concertata a 5 voci con violini obligati" (Bolonia 1672), dedicada a la comunidad de San Giovanni in Persiceto, que había designado a Passarini maestro di capella en 1672.

Al primer período en Bolonia corresponde un "Credo a 8 voces" (1664), un "Confitebor a 5" (1665), un par de "Kyrie e Gloria a 8", un "Gloria a 6", un "Credo a 6" y un "Mottetto a 12 pieno con trombe e cornetti per la festa dei ss. Innocenti" (1666), un "Gloria a 6", un "Credo a 5" y un "Confitebor a 3" (1667), un "Kyrie a 8" (1669), un par de "Kyrie e Gloria a 16" y un "Laetatus sum a 3" (1670), un "Magnificat a più voci e più instromenti" (1671, compuesto en Venecia), un "Kyrie a 8" (con un "Christe eleison a 16") y un "Gloria a 8 con trombe e cornetti" (1672) y un "Gloria a 8" (1673) . Los apuntes martinianos también mencionan un motete "Reponent nunc Organa 8 con tímpano" y un "Confitebor A 8 (1665). Son transmitidos con fecha un "Domine ad adiuvandum per due bassi" (1664), un "Sanctum et terribile a 5 per un Confitebor" (1665; Bolonia, Biblioteca del convento de San Francesco; allì se conservaen también todos los demás  manuscritos firmados por M. Passarini), un "Laetatus sum a 8" (1666), un "Confitebor a 5" (1667), un "Sicut erat a 8 da un Laudate Dominum omnes gentes" (1668), un "Domine ad adiuvandum a 8" y un fragmento de un "De profundis a 8" (1669).

En 1673 Passarini fue nombrado maestro di cappella en la iglesia de Santa Maria dei Frari y durante todo el año 1680 residió en el máximo convento franciscano de Venecia. En el período veneciano salieron un "Kyrie  a 8 (1673), un "Gloria a 8 con trombe e cornetti" y un "Nisi Dominus a 8 con 3 cornetti e 6 violini" (1674), un "Nisi Dominus a 3" (1675), un "Alma Redemptoris mater per soprano solo" y un "Mottetto per soprano solo per un santo martire" (1676; el motete quizás se puede  identificar con "Stillate roseo", aparecido póstumamente en "Motetti sagri a voce sola con istrumenti" recogidos por Carlo Maria Fagnani, Bolonia 1695), un "Confitebor a 3" y un "Laetatus sum a tre cori con trombe e cornetti" (1677), un  "In convertendo a 3 con tromba" (1678) y un "Laudate pueri a 10 con tromba e cornetti" (1679). Las notas martinianas también mencionan un "Cum invocarem a 8" y un "In te Domine speravi a 5" (1673), un "In manus tuas a 3" (1674 o 1675), el colosal motete concertato "Spargite lilia a 8 con cornetti, trombe e 6 violini per le rogazioni" (iniciado en Venecia y terminado en Bolonia), y dos "Ave Regina caelorum" (1675), un "Te Deum a 8 con trombe e cornetti per l’incoronazione di Innocenzo XI" (en partes separadas de los instrumentos, al himno sigue "Gaudete, populi", introducción al "Gloria" ejecutado durante la misma misa de acción de gracias), y el motete "O rosae vivaces" ( 1676), el motete "Gloria in caelis per soprano solo per s. Lorenzo (1677), i mottetti Victoriam canite «per la Concezione» ed Eia agite per s. Sebastiano (1678), i mottetti Exultate iubilate per alto solo per i ss. Cosma e Damiano, Quid admiramini per s. Caterina" y "Ridete sidera per canto solo" (1679) y un "In te Domine speravi a 4" (1680). Son transmitidos con fecha un "Beatus vir a 2"  y un "Semper et in saecula a 5 per un salmo" (1674, incompleto), un "Nunc dimittis a 5" y un "Cum invocarem a 5 con tromba" (1675) y una colección de salmos y partes de misas a 8 (con fecha de Bolonia, 1676, con excepción de un segundo "Beatus vir" de fecha 4 de junio de 1685). A la permanencia en Venecia se puede remontar otra introducción al "Gloria, In campum, o duces per soprano e basso con tromba, cornetti e 6 violini" (transmitido en dos versiones).
El 14 de septiembre de 1680 los padres del convento de Bolonia tomaron nota de las dificultades de Passarini en la prestación de la música para su fiesta de San  Francisco; tal vez para reforzar la propia capilla musical, el 9 de noviembre dispusieron el regreso del hermano, demasiado lejano para prestar una ayuda segura: a la propuesta de 50 ducados anuales, el músico dio el consentimiento requerido. El 31 de marzo de 1681 los padres lo eligieron maestro di cappella, con un solo voto negativo, y el 24 de mayo le dieron total libertad para organizar la música para la fiesta de San Antonio de Padua; tan alto fue el gasto (de más de 200 libras) como extraordinarios fueron los eventos. Las celebraciones en Bolonia por el cardenalato de Lorenzo Brancati de Lauria se aplazaron desde el 1 hasta el 17 de septiembre, con el objeto de esperar el regreso del maestro di cappella de un viaje; el 30 de septiembre este fue admitido en el Consejo de los padres.

Passarini se estableció por lo tanto entre los primeros actores de la vida musical de la ciudad, dominada por el competente Colonna y por el emergente Giacomo Antonio Perti: como fraile no podía ser agregado a la Academia Filarmónica, pero con el aria para soprano "Fra i ceppi del tormento" participó en "Melpomene coronata da Felsina", colección de cantatas de los  "signori compositori bolognesi" (Bolonia, 1685). El 27 de marzo de 1689 se realizó, en la Arciconfraternita dei Santi Sebastiano e Rocco, el oratorio para 5 voces y 6 violines "Abramo sagrificante" (libreto de Tommaso Stanzani). Apareció entonces su cuarto y última obra impresa: tres "Messe brevi a 8 voci col basso continuo per l’organo" (que consta de Kyrie, Gloria y Credo, y dedicada al teólogo carmelita Clemente María Felina, Bolonia 1690).

Al segundo período en Bolonia corresponden un "Kyrie e Gloria a 8" (1680), un "Mottetto con tromba per lo Spirito Santo" (1681 o 1689), un "Credidi a 3 con 6 violini" y el "Mottetto O citharae, o tubae per soprano solo con tromba per ogni santo" (1682), un "Kyrie a 8 con tromba e cornetti" (1683), un "De profundis a 8" (1688), un "Kyrie e Gloria a 5" (1689). Los apuntes martinianos citan también "Ad montes, ad colles", introducción al "Gloria per basso solo con trombe, cornetti e 6 violini, per la Trasfigurazione" (1682, compuesta en Venecia), un "Te Deum a 4" y un "Laudate [pueri] a 3" (1683), el motete "Salve panis a 3" (1688) y un "Miserere a 8 pieno" (1690). Se han transmitido con fecha dos "Confitebor a 3" (1684 y 1691), un "Sanctum et terribile a 3 per un Confitebor" (1691) y un "Surgite postquam sederitis a 8 per un Nisi Dominus" (fechado «169...»).
En 1691 Passarini se trasladó a Toscana. Se quedó primero en Florencia, como maestro di cappella en Santa Croce. Está indicado como tal en el suntuoso manuscrito del  "Abramo sagrificante", retitulado "Il sacrificio dAbramo" y regalado a Leopoldo I de Habsburgo por el franciscano sienés Giovanni Battista Luti; este regaló al melómano soberano otro oratorio de Passarini, "Dio placato a 8 voci" (libreto de Ottavio Ridolfi), también con 6 violines;... la sinfonía introductoria es la misma del "Sacrificio d'Abramo"). En el período 1692-1693 el músico se quedó en Pistoia, donde compuso las últimas partituras documentadas: un Kyrie a 4 y uno a 8 (1692), el motete "Quid moramini a 5 per s. Caterina da Siena", un motete para Santa Lucía y uno a 8 para Santa Clara (1693).

El 5 de diciembre de 1693 los padres de Bolonia aprobaron pagar el traslado de las cosas de Passarini de Florencia y Pistoia a Bolonia, y reintegrar al maestro di cappella con una compensación de un sueldo doble al mes a pesar de sus dolencias. Una demostración del precario estado de salud, en los informes posteriores ya no se hace alusión a sus actividades, mientras que ya el 19 de diciembre se reconoce el servicio de Ferdinando Antonio Lazzari, novicvio destinado a recoger, al cabo de una década, la herencia del anciano músico.

Las muchas composiciones de Passarini se conservan principalmente en Bolonia, en las colecciones del Museo de la Música y en el convento de San Francisco; otras fuentes se encuentran en la Biblioteca Estatal de Berlín, la Academia Filarmónica de Bolonia, en el Santuario de Ss. Annunziata de Florencia y en la Universitetsbibliotek de Upsala. Passarini se dedicó principalmente a la música religiosa, practicada con la misma desenvoltura desde la monodia a la poli coralidad, desde el estilo pieno al concertato, y con organizaciones vocales e instrumentales ampliadas o inusuales. Aunque incompleto, el inventario de la música parafernalia da cuenta 12Kyrie, 12 Gloria, 3 pares de Kyrie y Gloria, I 9, 71 motetes (28 instrumentos en concierto y 43 con solamente continuo), 19 Dixit Dominus, 4 Confitebor , 11 Laudate Pueri, un Laudate Dominum Omnes Gentes, 15 Magnificat, 2 credidi, un In convertendo, otros 23 salmos para varias liturgias.

La música existente de Passarini consiste en su totalidad en obras vocales sacras, muchas de las cuales están en el estilo concertante típico de mediados del siglo XVII. En sus obras para doble coro mostró una preferencia por partes de escritura vivaz, imitativa e hizo uso prominente de instrumentos, en particular trompetas y cornetas. Numerosas copias manuscritas existentes de su música son testimonio de su popularidad y estima; un inventario autógrafo de sus obras elaborado en 1694 indica que gran parte de su música está perdida. No debe confundírsele con el homónimo y más joven Francesco Passerini, contralto de Siena también activo en Bolonia.