Se desconoce tanto el lugar como la fecha de su nacimiento. Mattheson declaraba que era de origen alemán. Los contenidos de un título dado a él en 1641 muestran que entró al servicio de la corte de Varsovia durante el reinado de Wladyslaw IV (no antes de 1633). El 27 de marzo de 1637, cuando aparece como padrino en los archivos de la iglesia colegiada de St Jan, Varsovia, es descrito como 'organarius de ‘S[acrae] R[egiae] M[aiestatis]'. En la corte estaba asociado con Marco Scacchi, director de música desde 1628 hasta 1649, y se hizo director asistente desde 1641 o 1644: Feicht sostiene que desde 1633 Scacchi sólo estaba ocupado de la ópera y la música secular en general en la corte y que le confió la música sacra a Pekiel.

La tarea de educar a los niños del coro se le había encargado mucho tiempo antes, y después de la salida de Scacchi de Varsovia en 1649 Pekiel se encargó de la administración de la capilla real, aunque el título de director no se le asignó hasta 1653. Más tarde ese año, debido a la guerra con los cosacos, fue designado para servir y proteger a la reina, y después de la captura de Varsovia por los suecos en 1655 y la disolución de la corte dejó Varsovia. Se trasladó a Cracovia, donde en 1658, después de la muerte de Franciszek Lilius, se convirtió en director de música de la capilla de la catedral de  Wawel. También estaba en estrecho contacto con la capilla de Rorantist, en particular con su director, M. A. Miskiewicz. La última referencia a él de archivo como director de música data de 1664, pero como un nuevo director (Daniel Fierszewicz) no asumió su puesto hasta 1670 o 1671 puede asumirse que murió en o poco antes de esa época. Evidencia conectada con la Missa super ‘Veni sponsa' y la Missa Wachocianna parece indicar que durante su estancia en Cracovia tuvo contactos con las abadías Cistercienses y monasterios de Polonia del sur.

Pekiel es el compositor polaco principal del  periodo Barroco medio. Se puede distinguir en su trabajo un periodo de Varsovia y un periodo de Cracovia. En el primero compuso obras dramáticas concertato (por ejemplo. el diálogo "Audite mortales"), misas poli corales acompañadas por numerosos instrumentos (principalmente de viento) y con pasajes instrumentales independientes (Missa ‘La Lombardesca ', y la misa en 14-partes), y piezas puramente instrumentales como el canon, en estilo de ricercare con variaciones, en "Xenia Apollinea". La fuga para órgano descubierta por Gołos también data probablemente de este periodo, así como los arreglos de danzas para laúd atribuidos a Pekiel en un manuscrito de Gdansk, pero que más probablemente son de varios compositores diferentes. . Abarcan misas (para cuatro a ocho voces) y motetes a cappella (que, sin embargo, se interpretaban indudablemente con acompañamiento de órgano).

Una obra particularmente significativa es la misa de cuatro partes que Miskiewicz llamó "Missa pulcherrima ad instar Praenestini" (la razón para este uso del nombre de Palestrina no se ha establecido). Es reconocida como la obra polaca más destacada de su tipo en todo el siglo XVII. Pekiel derivó los temas de sus propias obras (principalmente del periodo de Varsovia), del canto Gregoriano y particularmente de canciones sacras polacas, sobre todo los villancicos. La música de Pekiel era conocida en Alemania así como en Polonia, como lo demuestran manuscritos en Berlín y Lüneburg.