En 1605 fue maestro de capilla en Alfaro y en 1607 presentó su candidatura para un puesto similar en El Burgo de Osma; fue rechazado y posteriormente se convirtió en maestro de capilla en la catedral de Santo Domingo de la Calzada. En 1609 fue llamado a Burgos donde se convirtió en maestro de capilla, cargo que desempeñó hasta su muerte; también fue hecho canónigo, pero sin derecho a voto.

Evidentemente fue tenido en alta estima por sus contemporáneos, puesto que el 9 de diciembre de 1611 fue elegido para reemplazar a Francisco de Silos como maestro de capilla de la catedral de Zaragoza, ocupando este puesto hasta el 10 de marzo de 1612; el 3 de mayo de 1616 fue invitado a servir en la Capilla Real de Madrid en el mismo cargo; declinó ambos nombramientos, declarando de este último, característicamente, que habría 'preferido las galeras a Madrid'.

Las obras de Peralta son composiciones policorales modernas de tipo vivo, animado preferido por Felipe III. Su "Magnificat primi toni" para tres coros (juzgados 'bom' por João IV de Portugal; una copia llegó hasta Puebla en México) compuesta libremente; explota los grupos vocales plenamente en contrastes dinámicos, texturales y espaciales, y musicaliza expresivamente las palabras individuales como 'esurientes'. Fue uno de los primeros compositores españoles en tratar este tipo de figuralismo.