En septiembre de 1645 con un grupo de músicos participó en la música anual en honor a San Nicolás en Tolentino, donde fue contratado como cantor extraordinario; el 25 de diciembre recibió el exorcista. Más tarde fue en Roma: de los registros de la Chiesa del Gesù aparece que cantó allí como contralto en los años 1647, 1649 y 1650, bajo la dirección de Bonifazio Graziani (cuyas obras dejaron una huella en la producción de Peranda). Posiblemente estudió con  Carissimi en Roma. Entre 1651 y 1656 se desempeña como contralto en la corte de Dresde gracias a la recomendación de Christoph Bernhards, probablemente al principio en la capilla del príncipe, que se encontraba desde 1651 dirigida por Giovanni Andrea Bontempi. Maestro de capilla en Camerino en fecha no especificada, el 9 de febrero de 1653 fue elegido al frente de la capilla de la catedral de Narni, tomando el relevo de Agostino Diruta; permaneció allí al menos hasta julio del año siguiente (el 9 de septiembre fue nombrado Nicola Gibellini).

Poco después de asumir el trono de Sajonia en 1656, el Elector luterano Johann Georg II reemplazó al viejo Kapellmeister Heinrich Schütz por compositores católicos italianos más jóvenes. Aparentemente de la noche a la mañana, la música sacra en el más moderno estilo italiano, primero por Vincenzo Albrici y después por Giuseppe Peranda  suplantó al más tradicional concierto sacro Schütziano y al Spruchmotette, efectuando un cambio en la vida musical y espiritual tanto dentro de las paredes de la corte de Dresde como fuera de ellas. En 1661 es nombrado Vice-kapellmeister y en 1663 tercer Kapellmeister en reemplazo de Vincenzo Albrici, alcanzando en 1666 su sueldo anual  de 1200 escudos.

Las escrituras notariales de Macerata lo documentan regresando a su tierra natal en octubre de 1657 y agosto de 1658: pero poco después regresó a Dresde. En junio de 1661 fue vicemaestre, en agosto de 1663 sucedió a Vincenzo Albrici al frente de la capilla. Los pasaportes emitidos por la corte muestran que en junio de 1667 visitó Karlsbad (ahora Karlovy Vary) y Eger (Cheb). El 20 de marzo de 1668 se presenta su oratorio “Pasión de San Marcos”, erróneamente atribuida a Heinrich Schütz y el 25 de diciembre del mismo año es estrenada su obra "Weihnachtshistorie” (Cuento de Navidad), actualmente perdida. En 1669 hace un corto viaje a Italia. El 3 de septiembre de 1671 se representa su ópera “Dafne”, escrita en colaboración con Giovanni Andrea Bontempi., y en noviembre de 1670 viajó a Italia, donde permaneció quizás más de un año. La presencia en la colección de Liechtenstein de dos misas completas, copiadas en 1671-1672, y un concierto sagrado para un santo sugiere que tuvo contacto con la corte de Kroměříž. El libreto del oratorio “El sacrificio de Iephte” (Bolonia 1675) sugiere, por otro lado, que estuvo involucrado en Italia en un género ajeno al repertorio de una corte luterana.

Edición discográfica con partes de la"Misa en La menor" de Marco Giuseppe Peranda

Como compositor de la corte, Peranda proporcionó música para los servicios divinos luteranos celebrados en la capilla ( Hauptgottesdienst y Vísperas), así como para bodas, bautizos y funerales en la corte. De los documentos se desprende que, además de más de 130 conciertos sacros, compuso música para la misa (el Kyrie, el Gloria y en algunos casos el Credo), las letanías luteranas, el “Te Deum”, los salmos latinos vespertinos y el “Magníficat”. Las composiciones litúrgicas recibidas, concebidas para solistas, coro e instrumentos, exhiben un estilo más bien retrospectivo, donde la escritura solista contrasta con las secciones corales dirigidas en homofonía o en imitación; sin embargo, no aparecen las arias solistas de conciertos sagrados, en un estilo más de moda. Peranda musicalizó principalmente textos latinos, pero en ocasiones también se ocupó de textos alemanes, ya fuera de las Escrituras o de corales luteranos; para el bautismo del futuro elector Federico Augusto I (1670), por ejemplo, Peranda puso música al sagrado concierto “Christ unser Herr zum Jordan kam Lutero” (ahora perdido). Otra música alemana incluye una “Natividad” (perdida) y una “Pasión según Marcos”. 

A principios de la década de 1670, Peranda colaboró ​​​​con Giovanni Andrea Angelini Bontempi en varias obras alemanas presentadas en la corte, incluidas “Dafne” (9 de febrero de 1672) y “Júpiter und Io" (16 de enero de 1673; queda el único libreto), escrita en colaboración con Bontempi. En 1672 es designado Hofkapellmeister en reemplazo de Schütz que había muerto en noviembre de ese año y ocupa el cargo hasta su propia muerte. En 1675  se estrena en Bolonia su ópera “Il sacrificio di Jette”,  de la que se conserva sólo el texto.
Peranda murió en Dresde a los 48 años de edad y está enterrado en la cripta de la abadía de Sankt Marienstern en Panschwitz-Kuckau (en la Alta Lusacia en Sajonia). Una calle lleva su nombre en Macerata.

En la música sacra cultivada en Alemania, Peranda dio un impulso estilístico notable al género sacro de concierto, en particular con algunos ejemplos tempranos de lo que los musicólogos alemanes designaron más tarde como 'Concerto-Aria-Kantate', que, compuesto siguiendo la estela del predecesor de Albrici, influyó en músicos alemanes como David Pohle y Christoph Bernhard. Modeló sus conciertos sobre los motetes producidos por Graziani en la Roma de mediados de siglo, que a menudo exhibían pasajes solistas en prósperas arias recitativas y estróficas, junto con el estilo concertado de varias voces. A estos modelos italianos Peranda añadió el uso de instrumentos, propios de la práctica alemana contemporánea. Los conciertos más pequeños suelen tener 2-3 solistas vocales, 2-3 instrumentos y el continuo, los más grandes 4-6 solistas, 4-6 voces rellenas, 5-12 instrumentos y continuo. Es característico de su estilo la libre combinación entre la escritura en estilo concertado, destinada al conjunto completo, y las arias estróficas para solistas, como enTe solum aestuat (3 voces, 3 instrumentos y bajo). La pluralidad estilística de estas obras bien estructuradas se ve aumentada por la alternancia de métricas, formaciones vocales e instrumentales y técnicas. El lenguaje musical tiende a ser tonal, no exento de persistencia modal, especialmente en los pasos menores.

Entre las composiciones más convincentes y evocadoras de Peranda se encuentran las entonaciones exquisitamente íntimas de los textos devocionales cristológicos, numerosos en su producción, por ejemplo O Jesu mi dulcissime y Sursum deorsum(1664, por el cumpleaños del elector Johann Georg II). La fama de Peranda como maestro en el género afectivo se debe a obras como estas: Wolfgang Caspar Printz lo recuerda como "el autor de conciertos en los que supo expresar muy bien las emociones del alma" (1690), y Johann Mattheson lo celebró como "déspota de los afectos" (1740). Algunas piezas presentan una escritura virtuosa para la voz del bajo, en un rango que supera las dos octavas. También hay algunos ejemplos tempranos de escritura fugitiva con sujeto y contrasujeto interconectados. En conciertos más grandes, como el “Miserere mei Deus” (dada en Dresde el 27 de marzo de 1670 en memoria de Federico III, rey de Dinamarca), Peranda juega con el contraste entre el recitativo solo, el estilo arioso, el concertato a 2-5 voces y la conducta de vez en cuando imitativa o homofónico o antifonal del conjunto completo de coro e instrumentos.

El número de composiciones de Peranda registradas en los diarios de la corte de Dresde y en varios inventarios musicales alemanes revela que solo ha sobrevivido alrededor de un tercio de su obra total; la mayoría de las fuentes (todas copias manuscritas) se conservan en las colecciones Düben (Uppsala, Biblioteca Universitaria), Grimma (Dresde, Biblioteca Estatal Sajona), Bokemeyer (Berlín, Biblioteca Estatal Alemana, Preußischer Kulturbesitz) y Liechtenstein (Kroměříž). Compuso misas, motetes, madrigales y conciertos sacros y  junto a Vincenzo Albrici es uno de los principales maestros italianos en Alemania.

La importancia de Peranda como compositor se basa indudablemente principalmente en el campo del concierto sacro. Sus muchas tales obras, junto con su otra música sacra y sus obras escénicas e instrumentales, así como las obras similares de Albrici, fueron por lejos mucho más representativas del repertorio de la corte de Dresde en el periodo desde aproximadamente 1660 a 1680 que la música de Schütz, que rara vez se realizó en la capilla de la corte después de 1656. Hay de hecho muy pocos rasgos comunes entre la antigua escuela alemana representada por Schütz y la más nueva escuela italiana cuyos miembros principales eran Bontempi, Albrici y Peranda. El ataque contra la nueva música teatral de iglesia en la oración fúnebre para Schütz del principal predicador de la corte, Geier, fue dirigido especialmente contra Peranda como un papista y como el exponente de un estilo descrito como 'quebrado'. Las características más notables de este estilo son la combinación libre de pasajes en estilo tutti concertato y solos arioso con estrofas de aria sola.