En 1675 comenzó a estudiar el contrapunto con su tío y, a los dieciséis años, pasó luego a un discípulo distinguido de este último, Petronio Franceschini. Al principio, la inclinación de Giacomo Antonio Perti por la música fue, sin embargo, rechazada por los familiares y por su propio tío, los cuales lo habían orientado hacia otra profesión más útil para la promoción de la familia y a la administración del considerable patrimonio; a partir de 1671 y durante los siguientes cinco años, había estudiado 'gramática y humanidades' en la escuela de los Jesuitas, y luego la 'lógica' bajo el canónigo Fulvio Magnani de San Petronio. La formación humanista se trasluce no sólo en el soneto juvenil "Al merto illustre, a la virtù sublime", editado en el "Pianto delle Muse in morte dell’Eccellentiss. Sig. Cornelio Monti", junto con la obra poética de otros eruditos (Bolonia, 1679), sino también en las fluidas relaciones que tuvo con poderosos, notables e instituciones en el trascurso de su larga carrera, y en los muchos textos populares en italiano y en latín puestos en música y tal vez atribuibles a él mismo.

Las primeras composiciones musicales fechadas datan de 1678, cuando Perti hizo ejecutar una misa propia en Santo Tommaso del Mercato, firmó el motete a ocho voces "Plaudite, mortales” y puso en escena un “Magnificat". Al año siguiente apareció en los géneros del drama y del 'oratorio per musica', componiendo el Acto III de "Atide" (libreto de Tomaso Stanzani, Bolonia, teatro Formagliari, actos I y II de Giuseppe Tosi y Pietro degli Antoni) y "Due gigli porporati nel martirio di santa Serafia e santa Sabina" (texto de Lotto Lotti, casa de Curzio Guidotti), y reelaborando, bajo el título de "L’errore innocente, Gli equivoci nel sembiante" de Alessandro Scarlatti". En 1680 hizo ejecutar una misa con dos trompetas en San Sigismondo, y la hizo repetir allí cada diez años al menos hasta 1740.

El 13 de marzo de 1681, habiendo hecho examinar un "Alma Redemptoris a due voci", se unió a la Academia Filarmónica en la categoría de los compositores, con trece votos a favor y uno en contra. Desde septiembre-octubre de ese año hasta febrero-marzo de 1682 se quedó luego en Parma, para perfeccionar el estudio del contrapunto bajo la dirección del célebre Giuseppe Corsi, llamado el Celano. Muestra de aprendizaje de Perti bajo el Celano es la docta "Messa a otto voci" de 1682 (en Sol menor, articulada, de acuerdo con un uso generalizado en Bolonia y como casi todas las demás, sólo con las partes de Kyrie y Gloria); fue seguida por otras de creciente compromiso compositivo, en particular aquella para ocho voces de 1683 (en Re Mayor), otra a ocho de 1685 (en La menor) y otra para doce voces de 1687 (en Fa Mayor). La mayoría de sus escenas de salmo de los años 1680 y 1690 muestran la influencia de Corsi.

Frontispicio del libreto de la ópera "Laodicea e Berenice" de Giacomo Antonio Perti - 1695

Inmediatamente distinguido en el género sacro, Perti comenzó sin embargo su carrera sobre todo en los géneros de la ópera, del oratorio y de la cantata. En los años de la hegemonía de Giovanni Paolo Colonna, maestro di cappella en San Petronio desde 1674, la ciudad natal no podía ofrecerle un magisterio de capilla prominente; análoga era la situación en Módena, donde postuló a la dirección de la capilla estense, pero fue preferido Antonio Gianettini. Hasta el umbral del nuevo siglo, su fama fue principalmente para las academias y la<s residencias nobles, a través de la rica producción de cantatas, y para los teatros del norte de Italia. Entre los años 1683 y 1691 presentó en diferentes teatros y ciudades de esta zona alrededor de veinte óperas.

Gracias a la intensa circulación de su propia música, Perti fue admirado en centros importantes como Roma y Viena, logrando una corona de alabanzas de altas personalidades. Estallada en 1685 la notable polémica 'de las quintas paralelas', Perti, tuvo mayor interés en tomar el partido de Arcangelo Corelli (quien le retribuyó con una estimación duradera), en lugar del de su conciudadano Colonna. En las "Cantate morali e spirituali" (Bolonia, 1688), su Op. I, dedicado al emperador Leopoldo I de Habsburgo, declaró luego que había 'intentado seguir lo mejor que sabía a las tres mayores luminarias de nuestra profesión', es decir,los tres excelsos cantantes Luigi Rossi, Giacomo Carissimi y Antonio Cesti, con la intención de destacar su proximidad a la escuela romana. En estas condiciones, no es de extrañar que en 1689 la Junta Parroquial de San Petronio rechazara su candidatura a la modesta función de vice-maestro di cappella: aun cuando Colonna no se hubiera opuesto a tenerlo de sustituto, él, vinculado a frecuentes compromisos fuera de la ciudad, no podría haber garantizado la continuidad de su presencia necesaria para un papel vicarial.

Sin embargo, a esta altura cronológica se capta el vínculo entre Perti y la ciudad natal, primero estrecha y luego exclusiva. En Bolonia se centra, por ejemplo, la mayor parte de su producción contemporánea de oratorios: "Abramo vincitor de’ propri affetti" (texto de Gregorio Malisardi; Arciconfraternita dei Ss. Sebastiano e Rocco, 1683; ampliado en 1689 como "Agar"), el "Oratorio della Passione" (texto de Bergamori; tal vez en Santa Maria della Morte, 1685; revisado en 1703 como "Gesù al sepolcro"), "La beata Imelde Lambertini bolognese" (atribuible a Bergamori; tal vez en una residencia de Lambertini, 1686), "San Galgano Guidotti" (tal vez en Santa Maria della Morte, 1694, en colaboración con alumnos); probablemente para la misma ciudad y producidos uno en la penúltima y el optro en la última década del siglo XVII son el "Oratorio della nascita del Signore" e "Il figlio prodigo" (atribuido a Benedetto Pamphili). Solamente a Módena se ata lo que queda: "Mosè conduttor del popolo ebreo (texto de Giovanni Battista Giardini; tal vez en el Oratorio de San Carlo Rotondo, 1685) y un "oratorio a 6 voci con concertino e concerto grosso all’usanza di Roma" ( anunciado en 1687, pero tal vez nunca completado. El vínculo con Bolonia también fue reiterado por la actividad de profesor, que pronto vio a Perti dar 'alguna dirección' a Francesco Antonio Pistocchi (amigo íntimo), Giuseppe Matteo Alberti y Giambattista Martini, o formar alumnos como Giuseppe Antonio Vincenzo Aldrovandini, Giacomo Goccini, Pietro Paolo Laurenti, Vincenzo Manfredini, Domenico Francesco Maria Micheletti, Luca Antonio Predieri y Giuseppe Torelli (otro amigo cercano).

El prestigio de Perti se impuso sobre todo en la Academia Filarmónica: recibió por sorteo el premio de Príncipe en los años 1687, 1693, 1697, 1705 y 1719; fue nombrado consejero en los años 1698, 1702-04, 1706-07 y 1710-13, censor en los años 1691 y 1715, recaudador en 1693 y 'perpetuo defensor' (es decir, árbitro en disputas teórico-musicales) a partir de 1719; por último, participó con composiciones propias a las celebraciones de misas y segundas vísperas oficiadas cada año en Santo Giovanni in Monte en honor del santo protector Antonio de Padua. En 1690, después de la promoción y unción de su tío, fue elegido unánimemente maestro di cappella en la catedral metropolitana de San Pedro, con un salario mensual de 27 liras. Dejó el cargo al cabo de pocos años: el 30 de agosto de 1696 (ocho meses después de la muerte de Colonna), fue elegido maestro di cappella en San Petronio, de oficio y sin siquiera haber sido candidato, con un salario mensual de diez escudos (luego elevado a doce); tomó el servicio el 28 de septiembre y se asentó en el vértice de la vida musical boloñesa, sin embargo se encontró con que disponía de un conjunto de capilla reducido sólo al organista Bartolomeo Monari (en febrero anterior la junta parroquial había decretado un período de austeridad y despidió a casi todos los músicos; el fastuoso conjunto fue restablecido el 25 de febrero de 1701).

Edición discográfica de obras de Giacomo Antonio Perti

Al final del siglo, la producción teatral de Perti pasó del signo empresarial al del mecenazgo. Después de 1696, de hecho, el ascenso de rango atrajo sobre el músico atenciones envidiables. En 1697 Leopoldo I le ofreció la dirección de la capilla imperial, pero se vio obligado a rechazar tal cargo para poder cumplir sus compromisos con Bolonia. Desde 1698 hasta 1712 Perti fue predilecto de la extravagante y poderosa Aurora Sanseverino Gaetani dell'Aquila d'Aragona, duquesa de Laurenzana, quien le encargó muchas cantatas para una o dos voces, así como la serenata "La Leucotee" (realizada en Piedimonte d'Alife en diciembre de 1711 junto a obras congéneres de Nicola Porpora, Georg Friedrich Händel y Nicola Fago).

Aún más importante fue, desde el año 1700, la atención dirigida a él por la corte del heredero al trono de Toscana, primero a través del castrato Francesco De Castris (hasta 1702) y otros intermediarios, luego directamente del gran príncipe Ferdinando de' Medici (de 1705 a 1710). En 1700 el compositor preparó quizá para el palacio Pitti el oratorio "La lingua profetica del Taumaturgo di Paola" (libreto atribuible a Bergamori), y para el teatro de la Villa de Medici de Pratolino entonó los actos II y III de "Lucio Vero" (libreto de Apostolo Zeno, tal vez revisado por Antonio Salvi; Martino Bitti compuso el acto I). El encargo de óperas le fue renovado el año siguiente para "Astianatte" (texto de Salvi, de la "Andrómaca" de Jean Racine), mientras que en 1702 pasó a Alessandro Scarlatti (tal vez por consejo de De Castris, interesado en preservar para él la gestión de la actividad teatral y así obstaculizar el arraigo de un solo compositor). En julio de 1703, mientras regresaba a Bolonia de una estancia en la Sanseverino, Perti fue solicitado en Florencia por el gran príncipe, que después de haber escuchado un madrigal suyo le regaló un anillo de un valor de 100 escudos y lo persiguió con halagüeñas propuestas de contratación.

Desde 1704 a 1709 Ferdinando le encargó colosales motetes laudatorios para cinco a ocho voces, que se ejecutaron en el cumpleaños del gran duque Cosimo III (14 de Agosto): las seis partituras ("Gaudeamus omnes", "Date melos, date honores", "Cantate laeta carmina", "Cessate, mortis funera", "Canite, cives" y "Alleluia") se destacan en la producción sacra de Perti y constituyen un ejemplo brillante -así como un raro sobreviviente- de la música sacra de Estado en Italia. puesto que Perti no tenía intención de dejar Bolonia, en 1705 el gran príncipe le confió al joven Francesco Maria Mannucci, con la vana esperanza de ver formado un alumno digno del maestro (después de largas vacantes del cargo, Mannucci en 1712 se convirtió en efecto en maestro di cappella en Santa Maria del Flore). Entre 1707 y 1710 le encargó después todas las nuevas obras que se darían anualmente en Pratolino en septiembre-octubre: "Dionisio re di Portogallo", "Ginevra principessa di Scozia" (compensación de 300 escudos además de una guantera de plata), "Berenice regina d’Egitto" (también mencionada con el título falso de "Demetrio"; 100 dobles de compensación) y "Rodelinda regina de’ Longobardi" (última obra jamás dada en Pratolino); la correspondencia del compositor con el poeta Salvi, con el cliente, con los músicos y con los cortesanos da cuenta de la cuidadosa puesta a punto dramatúrgico-musical de las cuatro partituras, perdidas junto con toda la biblioteca de música del gran príncipe (que murió en 1713, antes de tiempo y después de una grave discapacidad).

Terminada la temporada de los grandes mecenazgos, así como de la actividad teatral, Perti se dedicó sobre a la propias capilla musical, no sólo en San Petronio, sino también en Santa Maria di Galliera, en Santa Lucía, en la Capilla del Rosario de San Domenico y en la Archiconfraternidad de Santa María della Morte. Con tal cúmulo de actividades Perti ejerció una supervisión informal pero eficaz en la vida musical boloñesa, por lo que cualquier gran celebración se caracterizó por la contribución suya o de sus alumnos y colaboradores. En la tercera década del siglo XVIII aparecieron los últimos oratorios: "San Petronio" (texto de Giovanni Battista Rampognani; Bolonia, S. Maria di Galliera, 1720, en colaboración con otros, anónimos), "La Passione del Redentore" (Bolonia, S. Maria della Morte, 1721) e "I conforti di Maria Vergine addolorata per la morte del suo divin Figliuolo" (texto de Carlo Innocenzo Frugoni, Bolonia, S. Maria della Morte, 1723). De 1735 es la segunda y última obra impresa, "Messa e salmi concertati a quattro voci con strumenti e ripieni", publicada en Bolonia y dedicada al emperador Carlos VI de Habsburgo (pretendiente al trono de España); como un acto de agradecimiento, el monarca elevó al compositor al rango de consejero imperial, enviándole un diploma (11 de febrero de 1740), que alude a un trabajo typis divulgatum 'sub titulo ejemplar para los jóvenes compositores'. Sólo en 1740, el anciano maestro di cappella pidió a la sacristía de San Petronio un coadjutor, nombrado el 25 de noviembre en Giuseppe Maria Carretti (más tarde su sucesor).

En el penúltimo año de vida, aún en servicio, y en perfecto estado de salud, Perti compuso una nueva misa para San Petronio. Murió imprevistamente poco antes de cumplir los 95 años de edad y fue enterrado en la iglesia de San Petronio. Por disposición testamentaria, el archivo de música de Perti se distribuyó entre los jesuitas de Santa Lucía y la Junta Parroquial de San Petronio: este segundo bloque del legado se conserva en la basílica petroniana y contiene la mayor parte de las composiciones de Perti. Heredero de los bienes fue el hijo Vincenzo, el único superviviente entre la numerosa pero enfermiza prole nacida en los matrimonios con Giulia Sgarzi (casados en 1688, murió en 1713) e Isabella Monica Salmenzi Bigatti (casados en 1713, murió en 1740); un tercer matrimonio fue contraído en 1742 con María Teresa Fogli. Perti fue muy considerado por su música sacra y sus óperas. De las óperas, pocas subsisten de sus 26 originales. Perti afirmaba en su Op.1 que fue influenciado por el estilo melódico de Francesco Cavalli, Antonio Cesti y Luigi Rossi; sin embargo muestra considerable originalidad en instrumentación, uso de diálogo y contra melodía.

Su producción de música sacra fue aun más notable: escribió 120 escenas de salmo, para una voz, coro, bajo continuo y varios otros instrumentos; 54 motetes, para conjuntos similares; 28 misas; 83 versetti y otras obras litúrgicas, como himnos y antífonas. También escribió música secular, incluyendo 142 cantatas solistas (una de las formas vocales seculares más comunes a fines del siglo XVII en Italia), y un poco de música instrumental incluyendo sonatas y sinfonías para una variedad de instrumentos.