Su primer empleo en San Marco empezó en 1702 como suplente de su padre que era vicemaestro di cappella. En 1723 Antonio asumió este cargo en propiedad. Cuando el primo maestro, Antonio Biffi, murió en 1733, Pollarolo participó en una competencia inconclusa para el puesto vacante. Sirvió como maestro suplente durante tres años hasta que una segunda competencia fue ganada por Lotti, y en 1740 lo sucedió como primo maestro. A lo largo de su vida Pollarolo vivió en la parroquia de San Simeon Grande en Venecia. Su primera esposa murió en 1709 dejando tres niños pequeños; de su segunda esposa, con quien se casó en 1712, tuvo cuatro hijos más.

Edición discográfica con una obra de Giovanni Antonio Pollarolo

Su primera ópera fue "L'Aristeo", realizada en Venecia en 1700, seguida por "Griselda" (libreto de Apostolo Zeno, Venecia, teatro San Cassiano, carnaval de 1701) y "Demetrio e Tolomeo" (1702). Una interpretación de su música de iglesia se registra ya en 1704. Sus composiciones siguientes datan de 1714 en adelante, empezando con "Recognitio fratrum", un oratorio escrito para el Ospedale degli Incurabili, donde su padre era maestro. En 1716 Antonio fue elegido maestro de coro en uno de los conservatorios venecianos, el llamado Ospedaletto, para el que escribió los oratorios en latín "Sacrum amoris" (1716) y "Sterilis fecunda" (1717). En 1718 compuso el "Oratorio per il SS Natale" para Roma. Contribuyó con música para la ópera "Nerone fatto Cesare" (Venecia, 1715) y probablemente para una función de Venceslao (1721). Durante una década sus óperas se produjeron en los teatros venecianos. "Cosröe" se realizó en Roma en 1723 y la serenata "I tre voti" en Viena en 1724. En 1734 fue reelegido como maestro de coro del Ospedaletto después de un lapso de un año. Renunció al cargo en 1743 y se le concedió una pensión anual por toda la vida.

En los primeros libretos Giovanni Antonio Pollarolo es llamado el 'emulador' de su famoso padre, Carlo Francesco. Puesto que no aparece descrito así en su segunda serie principal de óperas, a partir de 1719, posiblemente significa que ya era reconocido entonces como un compositor por derecho propio. Su estilo operístico sólo puede juzgarse en parte porque su música existente viene de tan corto periodo (1721–4) y consiste principalmente en arias; sólo la serenata "I tre voti" sobrevive completa. Un elogio de la Emperatriz Elisabeth, el texto ofrece poca oportunidad para desarrollo dramático, pero la música es rica en estilo, desde la sinfonía festiva para cinco voces hasta los tercetos (marcados 'coro') y los recitativos acompañados y de conjunto. Pero la música que más vale la pena está en las extensas arias da capo, que exceden a las de su padre en alcance y virtuosismo.

Sus óperas “Lucio Papirio dittatore” y “Plautilla” fueron estrenadas en Venecia en 1721 con la actuación de la gran soprano Francesca Cuzzoni. A sus contemporáneos su música parecía ser demasiado similar a la de su padre. Por otra parte, alrededor del siglo XX, los profundos cambios en el gusto musical significaron el rápido declive de la fortuna de ambos compositores. En Amberes, en 1708, bajo el título "Parnasso celeste", se publicó un libro de "Concerti sacri a voce sola con tre e quattro stromenti del sig.r Polaroli opera prima": probablemente una reimpresión flamenca de una edición italiana perdida, se atribuyó hipotéticamente a Antonio.