Hijo de Gabriele Porta e Ippolita Picciamacini, presumiblemente formado en la ciudad natal, practicó el moderno estilo monódico y concertado; hizo imprimir una docena de óperas: de ahí se deduce la mayor parte de la información biográfica. En 1609 era organista en la Colegiata de San Giovanni in Persiceto, en Bolonia, cuando con fecha 10 de abril dedicó a los diputados, al consejo y a la comunidad de la ciudad el "Giardino di spirituali concenti" (Venecia). La colección reúne motetes entonados sobre textos litúrgicos o de invención: 14 piezas a dos voces, dos a tres y tres a cuatro, además de una "Sinfonia per sonare"(entre los motetes a dos voces figura también "Audi cælum", para dos sopranos en eco, basado en una versión abreviada del mismo texto puesto en música por Claudio Monteverdi en el "Sanctissimæ Virginis missa senis Vocibus ac vesperæ pluribus decantandæ", 1610). Dirigió la música allí desde 1612 hasta 1620.

En 1612 Porta mientras tanto había agregado al papel de organista el de maestro di cappella en la colegiata de Persiceto; el 25 de de septiembre dedicó al arcipreste Antonio Mellegari la "Hore di recreatione musicale" (Venecia): diez piezas para voz solista y siete para dos voces sobre rimas amorosas de Giovan Battista Marino, Michelangelo Angelico y Ottavio Rinuccini, "per cantare et sonare nel chittarone o altri instrumenti". En 1613 su motete "O Virgo pulcherrima" fue publicado como coda al "Terzo libro di nuovi pensieri ecclesiastici" de Adriano Banchieri (Bolonia), con obras de Lucio Barbieri, Giuseppe Guami, Roberto Poggiolini y Ottavio Vernizzi. Con fecha 6 de diciembre de ese año apareció publicada "Vaga ghirlanda di soavi et odorati fiori musicali", Op. 3, de Ercole Porta, dedicada a Cleria Pepoli, monja de noble nacimiento y de gran reputación en el claustro camaldolés de Santa Cristina en Bolonia.

De 1620 es el "Sacro convito musicale ornato di varie et diverse vivande spirituali a una, due, tre, quattro, cinque et sei voci, op. VII" (Venecia), vinculada en el título y en el contenido -a menudo de tema eucarístico- a las cofradías del Santísimo Sacramento de Ancona. El autor, todavía organista y maestro di cappella de San Giovanni in Persiceto, les dedica la obra con fecha 20 de diciembre de 1619. Desde el 27 de enero de 1622 hasta el 14 de julio de 1625, y de nuevo antes de fines de 1628, Porta pasó al papel de maestro di cappella en la catedral de Carpi. En el período intermedio fue organista en Rubiera, donde, con fecha 20 de mayo de 1626, dedicó a los 'señores y patrones' de la comunidad el "Complectorium lætum comodum et breve, quinque vocibus a choro compositum una cum basso ad organum, op. VIII" (Venecia).

Aparte de "Hore di recreatione", que es tentativo en su adopción del nuevo estilo monodico, la producción de Porta consiste en música sacra en el estilo concertato moderno para unas pocas voces y continuo, popular en las provincias italianas del norte donde los recursos eran limitados,. Así mucha de la música en sus colecciones de 1609 y 1613 es para menos de cuatro voces. El libro de 1613 también contiene una sonata para corneta, violín y dos trombones en el mismo estilo. La presencia de instrumentos es un rasgo particular del "Sacro convito", que incluye una misa y dos motetes acompañados por una orquesta de iglesia de cinco partes de dos violines y tres trombones, una combinación que se hizo bastante común en la música ceremonial a gran escala.

Esta misa puede ser la primera en incluir tal orquesta en una pieza completa: probablemente fue pensada para una fiesta mayor. La música de Porta muestra una buena comprensión de la sonoridad, contexto textural y escritura vocal idiomática; se usan modulaciones distantes y progresiones llamativas para reforzar la música del texto. Si bien esta misa pertenece a la larga línea de misas orquestales venecianas, Porta posiblemente aprendió las maneras de combinar voces e instrumentos de un compositor boloñés, Girolamo Giacobbi. El "Sacro convito" también contiene un motete, "Corda Deo dabimus", para soprano, contralto y tres trombones, el último proporcionando un acompañamiento ricamente sonoro: semejante combinación recuerda a Giovanni Gabrieli, aunque no fue especificado a menudo por sus sucesores. Porta también ofrece consejos interesantes al organista en esta publicación: debe usar su oído, puesto que no todas las disonancias son figuradas, y adoptan una textura dispersa cuando acompañan pocas voces, haciéndose más densas (sin agregar paradas) en los pasajes más llenos.