Fue educado en Nuremberg y fue a estudiar canto, órgano y composición en Leipzig y Hamburgo, donde permaneció durante un tiempo considerable estudiando con Heinrich Scheidemann, tocando en los oficios en el órgano del orfanato y perteneciendo al círculo en torno al poeta Johann Rist. Su "Friedens-Freude" (1645) incluye una referencia a haber sido organista de la corte en Passenberg, Vogtland. En febrero de 1646 fue invitado a Stralsund para competir por el puesto de organista de la Nikolaikirche, y fue debidamente nombrado el 14 de marzo. Permaneció en Stralsund hasta su muerte y se convirtió en el foco de la creación musical informal; la portada de su "Musicalischer Arien" muestra nueve músicos (cantantes e instrumentistas) alrededor de una mesa, con la inscripción 'Musica noster amor' -sin duda una referencia a un collegium musicum local. Fue muy apreciado en su tiempo tanto como compositor y como intérprete.

La influencia de Rist se puede ver en las dos primeras publicaciones de Rubert, el "Friedens-Freude" y el "Arien". Este último contiene 20 arias seculares para dos y tres voces con instrumentos -por lo general dos violines y bajo continuo-. Los dúos instrumentales juegan un papel importante, proporcionando sinfonías introductorias que se repiten como interludios entre los versos, dando lugar a una especie de extendida forma de rondó; en general Rubert muestra un fuerte sentido de la forma. Indicaciones dinámicas y de tempo son frecuentes, y hay algunas secciones de danza, por ejemplo, courante y 'sorobont'. El "Musicalische Seelen Erquicken" (que incluye un homenaje de Rist) contiene 12 conciertos sacros de seis a diez partes, incluyendo instrumentos. Planeado en una escala más amplia que su música anterior, esta música principalmente sobre textos bíblicos demuestra una vez más unidad formal en el tratamiento del material motívico y las texturas vocales e instrumentales son muy variadas, siendo las más comunes las de dos o tres voces; sin embargo, ni la escritura vocal ni la instrumental están en un distintivo estilo consistente. Hay algunas progresiones y modulaciones armónicas comparativamente audaces.