En 1611 Rubiconi fue nombrado organista de San Benedetto Novello, en Padua.

Su "Primo libro de madrigali a cinque voci" (Venecia, 1599, incompleto) evita los pasajes cromáticos, experimentos armónicos y dispositivos típicos, pero esta economía de medios no se opone a la expresión eficaz.

Los "Concerti ecclesiastici alla moderna dove si contengono messa, salmi per vespere e compieta e Magnificat Op. 2" (Venecia, 1611, incompleta) para tres a ocho voces y bajo continuo muestran una mayor tendencia a la homofonía; el término 'alla moderna' se refiere a la naturaleza homofónica de la obra, el uso de bajo continuo y la notación.