Scacchi estudió en Roma bajo Giovanni Francesco Anerio. Después de sus estudios en Italia se trasladó a Varsovia, Polonia, en 1621, donde trabajó como violinista en la corte de Segismundo III. Sirvió primero como músico al Príncipe Wladyslaw y luego probablemente como maestro de la música privada del príncipe. En 1633, después de la coronación del príncipe como Wladyslaw IV, Scacchi se convirtió en kappellmeister de la capilla real. La mala salud lo llevó a retirarse a Gallese en marzo de 1649, donde se concentró en escribir ensayos sobre teoría de la música y se dedicó a la enseñanza musical; entre sus alumnos estaba Angelo Berardi, que lo citó extensamente  e imprimió dos de sus obras en "Documenti armonici" (1687).

Scacchi compuso en todos los géneros de música vocal. La mayoría de su música religiosa está en lo que sus propios escritos teóricos llaman ‘stile imbastardito' -un estilo mixto que él juzgó admisible en la 'seconda pratica'. Era su deber proporcionar música para las ocasiones oficiales de la corte, y debe haber escrito numerosas obras poli corales (hay una referencia a una para 16 voces), pero sólo una de tales obras ha sobrevivido completa, la "Missa omnium tonorum". La misa es un raro ejemplo de una obra que incorpora todos los modos. Las obras religiosas concertato de Scacchi frecuentemente usan textura de trío y pasajes solos en estilo recitativo (por ejemplo en "Qui timet Dominum"). La influencia veneciana es discernible en la forma de algunas de estas piezas, por ejemplo la estructura rondo de "Laudate pueri Dominum". Entre sus composiciones en la prima pratica está la colección de misas (1633) y las obras en el "Cibrium musicum".

La única obra dramática a la que se puede asociar con seguridad el nombre de Scacchi es "Il ratto di Helena" (1634), pero él probablemente contribuyó a varias obras representadas en la corte polaca. Scacchi compuso madrigales a lo largo de su carrera. Publicó tres libros probablemente, aunque sólo uno sobrevive. Los textos poéticos de este libro son principalmente de Guarini, y los madrigales muestran la influencia de la música de Monteverdi sobre textos de Guarini en sus cuarto y quinto libros de madrigales. Es recordado principalmente por su defensa de la música moderna contra el conservador Paul Siefert pero merece ser reconocido como un pensador muy original sobre música. Su tratado de 1643 "Cribrum musicum" acusaba al conservador compositor alemán Paul Siefert de tener una técnica incorrecta, llevando a una guerra de palabras que duró años.

Scacchi creía que cada género musical debía tener su propio estilo único, e inventó su propio sistema de clasificar las obras que mostraron influencia en las generaciones posteriores. Scacchi fue un compositor versátil y prolífico que escribió misas al estilo antico, madrigales, conciertos sacros y óperas. Casi todas  sus obras escénicas se han perdido. El Museo y Centro Cultural "Marco Scacchi" se creó en su ciudad natal para reforzar la identidad histórico/cultural del territorio de Gallese, y para alojar y promover también actividades de actualidad contemporánea, así como también para honrar la memoria de este compositor, que es orgullo de la ciudad. Falleció en su ciudad natal a los 62 años de edad.