Sus actuaciones como intérprete de laúd, cornetín  y trombón y en particular como un excelente violinista llevaron a su contratación permanente en 1615. Sin embargo, el mismo año respondió a una solicitud para unirse al floreciente establecimiento musical del Rey Christian IV de Dinamarca en Copenhague. Aquí se encontró con el interprete inglés de viola William Brade, que había estado antes al servicio de la ciudad de Hamburgo y le puede haber enseñado allí (en ese momento había conexiones íntimas entre los músicos ingleses y alemanes).

En 1619 Schop y Brade abandonaron Copenhague para escapar de la plaga. Schop había adquirido tan alta reputación que pronto obtuvo un puesto como Kapellmeister, aunque no se sabe exactamente dónde. En 1621 se convirtió en primer violinista municipal en Hamburgo. La ciudad le ofreció un ingreso sustancial para su participación en la música de iglesia y las festividades del concejo y ciudadanas, además le permitió la libertad para emprender viajes  a las cortes alemanas y extranjeras. En 1634 viajó a Copenhague con Heinrich Schütz y Heinrich Albert para la boda del Príncipe de la Corona Christian: durante las festividades espléndidas ganó una competencia contra el violinista francés Jacques Foucart. En ese tiempo se había hecho famoso, y el rey dinamarqués intentó varias veces atraerlo a su establecimiento musical, pero se quedó en Hamburgo hasta su muerte.

Schop era un sólido y versátil músico en una notable tradición alemana y se mostró como un intérprete y compositor de avanzada. A través de su contacto íntimo con los intérpretes ingleses de cuerdas más destacados y su encuentro con los primeros maestros de violín italianos, llegó a ser el exponente principal de la primera música de violín alemana; incluso en 1740 Johann Mattheson hacía ver que no se encontraban a menudo artistas de su calibre en establecimientos reales o principales. Contribuyó enormemente al cultivo floreciente de la música en Hamburgo a mediados del siglo XVII. En 1756 Leopold Mozart hizo un comentario sobre las dificultades de un trino en una obra de Schop, probablemente compuesta antes de 1646. Publicó libros de música de violín en 4 a 6 partes; alguna de su música se tocó para las celebraciones de la Paz de Westphalia.

Compuso muchas de sus canciones religiosas y seculares sobre textos de sus amigos de Hamburgo Johann Rist, Jacob Schwieger y Philipp de Zesen. Con sus encantadoras piezas de danza promovió la composición de suites en Alemania entre la época de Valentin Haussmann y la de Johann Rosenmüller. Sus conciertos sacros ocupan un lugar especial junto a los de Schütz, particularmente en su tratamiento de las melodías litúrgicas. Como compositor de canciones solistas fue, junto con Thomas Selle, el fundador de una escuela de escritura de canciones en Hamburgo. Sus numerosos himnos fueron escritos sobre textos de su conciudadano Johann Rist, por ejemplo “Lasset uns den Herren preisen”, “Werde munter, mein Gemüthe” y “Wach auf, mein Geist, erhebe dich” (O Ewigkeit, du Donnerwort),  de larga permanecía en el repertorio luterano,  incluyendo su uso por Johann Sebastian Bach en sus obras vocales.

Su melodía "Werde munter, mein Gemüte" de 1641 fue usada por Johann Sebastian Bach para los movimientos corales (6 y 10) de su cantata "Herz und Mund und Tat und Leben", BWV 147. El sexto movimiento es "Wohl mir, daß ich Jesum habe", y el décimo movimiento es "Jesu bleibet meine Freude". Bajo el título de "Jesús, alegría de los hombres" la coral de Bach se ha arreglado para  instrumentos diferentes y para coro a capella y ha ganado amplia popularidad.