Paul Siefert fue hijo del segundo matrimonio de su padre. Éste, un procurador, tenía el mismo nombre lo que, junto con la existencia de varias otras personas con el apellido Siefert en Danzig, ha llevado a confusión biográfica. Recibió una beca del Concejo de la ciudad de Danzig para estudiar durante tres años (1607–10) con Jan Pieterszoon Sweelinck en Amsterdam, junto con Samuel Scheidt, después de lo cual volvió a Danzig (a fines de 1610) para hacerse organista auxiliar en la Marienkirche. El organista principal de la Marienkirche, Cajus Schmiedtlein, murió en marzo de 1611, y Siefert solicitó el puesto, pero fue rechazado, debido en parte a las quejas sobre su estilo de tocar y su arrogancia.

Dejó la ciudad y fue a Königsberg. Desde 1611 a 1616 fue organista de la iglesia principal en el ‘Altstadt' de Königsberg, después de lo cual se hizo organista de la corte en Varsovia bajo Asprilio Pacelli, que fue sucedido por Marco Scacchi. En 1623 (probablemente después de las muertes de Pacelli en mayo y de Michael Weida, organista de la Marienkirche), regresó a Danzig, donde fue nombrado organista principal el 23 de septiembre. Permaneció allí hasta su muerte. Su postulación en 1627 para el puesto de Kapellmeister después de la muerte del titular, Andreas Hakenberger, también falló, y Hakenberger fue sucedido por Kaspar Förster el mayor.

Siefert tenía al parecer una personalidad conflictiva que fácilmente le generó enemigos. Llegó a indisponerse en la corte de Varsovia, y su enemistad con su colega de Danzig Kaspar Förster el mayor, maestro de coro de la Marienkirche desde 1627 a 1652, alcanzó tales proporciones que los dos antagonistas solicitaron la intercesión del concejo de la ciudad en cerca de 24 documentos. Su disputa muy conocida con Marco Scacchi, maestro de coro de la corte polaca desde 1628 a 1649, puede verse como una ramificación de esta pelea. Scacchi estaba del lado de su amigo Förster y acusó a Siefert de incompetente.

Siefert perteneció a ese grupo de compositores alemanes del norte, incluyendo a Scheidt y Scheidemann, que crearon su propio estilo particular en lugar de adherir a las reglas anticuadas o imitar los nuevos modelos italianos. Debido a este estilo particular, la crítica apuntó a su primera colección de "Psalmen Davids" (1640) –en que había mezclado géneros diferentes- que eran hasta cierto punto no válidas, puesto que sus composiciones no pertenecían a ninguna de las categorías que Scacchi detallaba en Cribrum musicum (1643). Su esfuerzo subsiguiente por justificar sus escenas de salmo en el "Anticribratio musica" (1645) en base a las reglas establecidas en el Cribrum fue condenado naturalmente al fracaso.

Los contenidos del primer libro de "Psalmen Davids", escenas del Calvinist Goudimel-Lobwasser psalter de la Iglesia Reformada, adhieren a las técnicas de Sweelinck, el maestro de Siefert y son diferentes a los conciertos sacros en, por ejemplo, la Symphoniae sacrae de Schütz: comprende 12 escenas de salmo para cuatro y cinco voces así como dos conciertos para tres y cuatro voces. Las obras son de hecho motetes corales; el bajo figurado es de poca o ninguna importancia, y no se usan instrumentos independientemente, sino sólo para doblar o reemplazar las voces. Las obras en "Psalmorum Davidicorum"… II (1651), que comprende 15 salmos para cuatro a ocho voces, un concierto para cuatro voces y una canzona instrumental de ocho partes, es históricamente más notable, puesto que pueden verse como precursores del motete coral concertato y de la cantata coral.
Las obras para teclado de Siefert reflejan la influencia de la escuela de Sweelinck, pero la colección de variaciones corales es debilitada por la ornamentación excesiva y una falta de movimiento contrapuntístico.