Era hijo de un peletero de Breslavia, pero de su período de juventud no se sabe mucho, más allá del hecho de que viajó mucho (Hungría, Rumania, etc.) después de haberse escapado  de su casa. En ese período probablemente fue trompetista en algunos ejércitos. En 1664 está registrado su paso por Tübingen y Stuttgart.

Daniel Speer estuvo activo como músico, maestro y escritor en el sudoeste de Alemania desde aproximadamente 1665 en adelante. Desde 1667 estuvo estrechamente asociado con la ciudad de Göppingen, donde enseñó latín en la escuela local y después actuó como chantre del pueblo.

En 1687 publicó un tratado de música que es considerado útil para  entender la música del  período medio barroco. Su escrito sobre música influenciaría las obras para trombón Barroco alemán durante un siglo. También era escritor de historias y panfletos políticos en contra de la ocupación francesa en sus tierras, que en un momento dado llevaron a su encarcelamiento en 1689 durante un año y medio.  A pesar de que puede haber sido impopular con las autoridades, sin embargo debe haber sido bien valorado en Göppingen, pues el concejo del pueblo y sus habitantes intercedieron para que fuera liberado. En literatura es conocido por tres o cuatro novelas autobiográficas que dan una percepción de la escena musical de su época y hace uso del humor. En ellos el narrador es llamado Daniel Simplex. Sus novelas permanecieron totalmente olvidadas hasta su redescubrimiento en los años 1930.

Como compositor, Speer produjo música para trombones. Las miniaturas para teclado también han sobrevivido. Podría ser mejor conocido por su Sonata No. 29 del "Die Bänkelsängerlieder" para quinteto de bronces, que se toca a menudo en bodas y ocasiones formales.

De él queda el importante “Vierfaches Musicalisches Kleeblatt” (1697); es un libro de instrucción de música que tituló "Trébol de  Cuatro hojas Musical", y que abarca dirección musical, el arte de tocar teclado y continuo, teoría instrumental y, como cuarto folio, composición. El tercer capítulo trata de los instrumentos de cuerda y de viento, y proporciona una introducción corta sobre cada uno seguida por piezas de ejemplo, normalmente dúos o tríos. Este libro es importante porque las sonatas para viola da braccio (la que Speer llama "viola-braccio" o "braz") podrían pertenecer a las piezas más antiguas escritas especialmente para ese instrumento, como opuesto a la viola da gamba.

A él se le atribuyen algunas de las primeras composiciones para conjunto de trombones (por ejemplo, "Sonata a 4"); sobre este tema en particular en su "Grundrichtiger …Unterricht der musikalischen Kunst" hay dos sonatas para tres trombones, destinadas a explicar la técnica trombonística, con una explicación relativa a las características de este instrumento.