Durante las décadas de 1580 y 1590 fue cantor en Přeštice, cerca de Klatovy y a más tardar desde 1598, en Kutná Hora. Su producción consiste principalmente en misas plenarias, tales como "Plenarium de angelis", en el que se ponen en música tanto el Ordinario como el Proper de la misa. Sobreviven en forma fragmentaria 27 composiciones plenarias en latín y 3 en checo.

Spongopoeus también compuso siete misas ordinarias, en su mayoría misas parodia que se basan en modelos europeos así como bohemios, y tres ciclos de Proper de misas, que se basan sólo en ocasiones en melodías de canto llano. Sus motetes tienen textos tanto en latín como en checo. Sus primeros motetes están compuestos para cinco y seis voces en contrapunto imitativo; a partir de 1590 también utilizó texturas de ocho voces a menudo dispuestas en doble coro. También hay canciones en latin y checo, así como composiciones litúrgicas más pequeñas, como responsorios e himnos.

En la lápida de su tumba se lee: 'Paulus Spongopoeus Gistebnicenus ... sin duda el más prolífico compositor de Bohemia de su tiempo'. Sin embargo, ninguna de sus obras ha sobrevivido por completo.