La fecha exacta de su nacimiento se desconoce; se cree que nació en 1581, que es la fecha en el único retrato superviviente). A los 18 años Staden era ya bastante famoso y servía como organista en una de las iglesias de la ciudad. Hacia 1604 estaba empleado como organista de la corte en Bayreuth y se casó el mismo año. En 1605 la corte se trasladó a Kulmbach, donde Staden permaneció hasta 1610 y publicó tres colecciones de canciones seculares, "Neue teutsche Lieder" (1606), "Neue teutsche geistliche Gesäng" (1609) y "Venus Kräntzlein" (1610);. Puede haber visitado Bayreuth de nuevo en 1610 y puede haber vuelto a Nuremberg hacia 1611, el año que su hija fue bautizada allí.

Edición discográfica con obras de Johann Staden

En  junio de 1612 dejó Nuremberg de nuevo para suceder a Hans Leo Hassler como organista de la corte en Dresde. Se quedó hasta alrededor de 1614/15, asumiendo como organista en la Spitalkirche de Nuremberg el  20 de junio de 1616. A fines de ese año se trasladó a la Lorenzkirche, sucediendo a Kaspar Hassler. Finalmente, en 1618 aceptó la posición musical más prestigiosa de Nuremberg: organista en la Iglesia de San Sebald (Sebalduskirche). Conservó ese puesto hasta su muerte en 1634.

Muchas de las obras de Staden sobreviven en colecciones impresas. Sus primeros trabajos publicados fueron las canciones seculares mencionadas, que ofrecen ritmos simplistas, son armónicamente simples y muestran pocos rasgos de contrapunto no imitativo. Lo mismo puede decirse sobre sus canciones sacras, de las que también publicó varias colecciones. Otra música sacra es de interés considerablemente mayor: "Harmoniae Sacrae" (1616) contiene algunos de los primeros conciertos sacros alemanes, introduciendo los conceptos de un bajo continuo obligato, acompañamiento instrumental independiente y el concierto solista de la tradición de Nuremberg; estos rasgos también se ven en otras colecciones de  música sacra coral. El estilo básico, sin embargo, seguía siendo el del motete. La música instrumental de Staden consiste en alrededor de 200 piezas y no sólo incluye varias formas de danza sino también algunas de las primeras sonatas instrumentales alemanas. Estas piezas podrían haber sido escritas para un grupo de intérpretes llamados Nuremberg Musikkränzlein.

Staden fue muy aclamado como maestro; influyó en la creación de la tradición de Nuremberg y su alumno más importante, Johann Erasmus Kindermann, llevaría esa tradición a través de Georg Caspar Wecker y Heinrich Schwemmer a los hermanos Krieger y, finalmente, a Johann Pachelbel que estudió bajo Wecker y Schwemmer. Otros alumnos de Staden incluyeron a tres de sus hijos (Johann, Adam y Sigmund Theophil Staden) y diversos compositores menores de Nuremberg. Aparte de establecer la llamada escuela de Nuremberg a través de la enseñanza a jóvenes músicos, las actividades de Staden en Nuremberg durante los años 1620 y 1630 incluían la evaluación de la nueva música dedicada a la ciudad (esto incluyó los "Geistliche Concerten" de Samuel Scheidt de 1634).