En 1597 fue invitado a probar el nuevo órgano del Oratorio dei Filippini, Nápoles, y durante un tiempo sirvió allí como organista. El 30 de octubre de 1601 fue nombrado organista de la capilla real de los virreyes españoles en Nápoles. El segundo organista desde 1602 era Mayone, y el maestro di cappella era Macque. Trabaci sucedió a Macque como maestro el 1 de noviembre de 1614 y ocupó el puesto por el resto de su vida; además fue de nuevo organista del Oratorio dei Filippini entre 1625 y 1630. Desde 1603 a 1611 también estuvo vinculado con la familia napolitana de Capoa di Balzo, ‘en cuya residencia el esplendor de la música luce brillantemente' (para citar la dedicatoria de su volumen de música de teclado de 1603).

Trabaci dedicó no menos de cinco volúmenes a la Virgen María, los otros a la nobleza napolitana y a los virreyes españoles. Dedicando su volumen de 1635, decía que del virrey ‘yo he aprendido un nuevo estilo de componer la Pasión' (las partes de Jesús y Judas están en estilo de recitativo). También se dirigió a los intérpretes en prólogos y otras notas; en el libro de 1615 designa numerosos dispositivos musicales (por ejemplo. 'riversi', ‘moti contrarii', 'inganni') cuando aparecían y también proporciona ‘tabla de los pasajes más notables'.

Edición discográfica con una obra de Giovanni Maria Trabaci

La producción de Trabaci fue grande y variada. Su música conocida comprende 169 obras vocales sacras, incluyendo misas, motetes, salmos, antífonas, Magnificat y escenas de Pasión, himnos, loas y rithmi (una forma basada en repeticiones métricas exactas); 60 obras vocales seculares (madrigales, villanellas, diálogos y arias); y 165 obras para teclado, también apropiadas para conjunto instrumental (ricercares, canzonas, capriccios, versetti, piezas basadas en cantus firmi, partitas, gagliardas, toccatas, durezze e ligature, consonanze stravaganti y tabulaciones).

El libro de motetes de 1602 es similar al "Sacrae cantiones" de Gesualdo de 1603 que lo pudiera haber influenciado a través de sus cromatismo y modulaciones raras (como en, por ejemplo, “O dulcissimae filiae Sion”).

En general, sin embargo, la música sacra de Trabaci es conservadora. Generalmente está en un estilo simple, cordal; los motetes para ocho voces invariablemente son para dos coros opuestos. "Sylvae armonicae" contiene arreglos para voces solas de algunos de sus primeros motetes, así como varias piezas que requieren combinaciones raras de voces. De interés particular son las cuatro Pasiones publicadas en 1635 en las que se contrastan las voces solistas con la parte de un narrador escrita para tres voces y coros turba en estilo falsobordone. La música vocal secular es menos interesante y emocionalmente intensa que la de Gesualdo, pero hay más énfasis en el virtuosismo vocal. Los madrigales de 1611, sin embargo, son menos floridos que los de 1606 y más aventureros en su cromatismo. En su línea vocal suave y tiempo triple el "Aria di Venere" en el "Breve racconto" anticipa el suave, redondeado estilo que pronto prevalecería en arias y cantatas italianas.

Las obras para teclado de Trabaci audazmente anuncian las de Frescobaldi en su cromatismo, transformaciones temáticas y discontinuidad seccional. Las toccatas en particular, con sus armonías modulatorias y ritmos abruptos, están entre las obras para teclado más antiguas que pueden denominarse 'Barrocas'.