Recibió su enseñanza musical en el Conservatorio della Pietà dei Turchini, Nápoles, cuando Francesco Provenzale era su maestro ordinario. En 1688 se casó con Antonia Falcone y se estableció en Nápoles como compositor de música de iglesia y obras sacras semi dramáticas, después también de música operística.

En 1706 fue contratado por Andrea Pò, empresario del Teatro di San Bartolomeo, para componer arias substitutas para la presentación en Nápoles de la ópera "Mitridate" de Giuseppe Aldrovandini. Entre 1706 y 1712 Vignola jugó un papel importante escribiendo arias y escenas bufas a la manera napolitana para óperas de otros compositores, sobre todo Francesco Gasparini, y componiendo tres óperas serias suyas.

Su primera ópera, "Tullo Ostilio", data de 1707. Ese año se hizo miembro como organista de la capilla real de Nápoles, y orgullosamente se refirió a su posición como organista en la página de título del libreto de su dramma per musica "Teodora Augusta" (1709); permaneció en ese puesto hasta su muerte. El 26 de noviembre de 1712 fue sucedido por Pietro Filippo Scarlatti, el hijo mayor del primo maestro de la capilla, Alessandro Scarlatti.