Desde 1715 a 1716 (o posiblemente 1721) fue organista en la Abadía de Melk. Se casó en Viena (donde puede haber sido alumno de J. J. Fux) el 27 de enero de 1727, y se mudó de Viena a Eisenstadt para sumir el cargo de Kapellmeister en la corte de Esterházy el 10 de mayo de 1728. Como sucesor de Wenzel Zivilhofer en el puesto recibió un sueldo de 400 gulden además de 28 gulden anuales para alojamiento, aumentados en 1738 y, al unirse su hijo al establecimiento como cantante contralto, en 1740. Werner también enseñó a algunos músicos en Eisenstadt, incluyendo a Johann Novotný y S. T. Kolbel. 

Según un decreto emitido el 1 de mayo de 1761, Haydn tomó el magnífico establecimiento musical que Werner había elevado a un alto estándar. Sin embargo, Werner permaneció como Oberhofkapellmeister y se le confió la música sacra, que siempre había sido de principal interés para él. Como era de esperarse, surgieron relaciones tirantes entre Werner y el mucho más joven Haydn. En una petición de octubre de 1765 al Príncipe Nikolaus von Esterházy, Werner se quejaba de negligencia en la Kapelle del castillo y del estado de deterioro del una vez macizo establecimiento musical, culpando de esto a la indolencia de Haydn; Werner hacía saber que debido a su avanzada edad era incapaz de tomar materias en sus propias manos pero tenía que confiar en la intervención de otros.  Claramente pensaba que su muerte era inminente, y de hecho murió al final de ese invierno. Esta amarga carta muestra la profundidad de su resentimiento hacia Haydn, a quien se dice que habría llamado un Gsanglmacher (‘pequeño fabricante de canciones'). Haydn fue llamado al orden por el administrador principal; las imputaciones de pereza lo indujeron a guardar su propio catálogo temático desde aquel momento. En su vejez Haydn dejó un memorial a su antiguo Oberhofkapellmeister con su edición (1804) de seis introducciones y fugas para cuarteto de cuerdas, tomado de oratorios de Werner.

La música de Werner refleja varias tendencias diferentes. En la música de iglesia, que lo ocupó hasta sus últimos años, compuso unas misas a cappella en un estricto estilo contrapuntístico, pero también obras con acompañamiento de cuerdas y vientos notablemente influenciadas por la tradición napolitana. Era, sin embargo, un contrapuntista capaz y un compositor que pensaba naturalmente en términos de contrapunto.