Pasó su vida entera en el área relativamente confinada de Turingia en las laderas nor-orientales de las Montañas de Harz. Sus padres reconocieron rápidamente sus dotes musicales  y lo enviaron donde un tío, Christian Werckmeister, organista de Bennungen, cerca de Sangerhausen, para estudiar órgano y empezar su educación general. En 1660 se matriculó en el Gymnasium de Nordhausen y dos años más tarde se cambió al Gymnasium de Quedlinburg, donde otro tío, Víctor Werckmeister, era Kantor. El 24 de diciembre de 1664 fue nombrado organista en Hasselfelde, cerca de Blankenburg, y permaneció allí durante diez años. Luego sirvió por poco tiempo como organista y notario en el cercano pueblo de Elbingerode y en 1675 volvió a Quedlinburg, donde gracias a la recomendación de su tío obtuvo los puestos de organista en la iglesia colegiada de St Servatius y en la corte de Anna Sophia I, abadesa y Condesa Palatina; desde 1677 fue también organista en St Wiperti. Asumió su último puesto, como organista de St Martini, Halberstadt, en 1696.

Frontispicio de "Orgelprobe, Op 2" de Andreas Werckmeister (1696)

Aunque no educado en una universidad, Werckmeister leyó ampliamente los clásicos así como la literatura contemporánea sobre teología, matemáticas, filosofía y música. Frecuentemente se refiere en sus escritos a varios teóricos alemanes, incluyendo a Baryphonus, Calvisius, Gibelius, Kuhnau, Lippius y Printz, y se sentía especialmente en deuda con Michael Praetorius, cuyos manuscritos inéditos estaban (según su "Organum Gruningense redivivum") en su poder. También conoció tratados de Glarean y de autores italianos tan importantes como Artusi, Galilei y Zarlino.

Publicó seis grandes tratados así como varios estudios más breves; otra obra, "Musicalische Paradoxal-Discourse", apareció póstumamente. De estos escritos surge como un pensador profundamente religioso y como un ejemplo ideal de un tipo de músico frecuentemente encontrado en Alemania en el siglo XVII -el organista protestante y teórico que trabajaba en diversos pueblos pequeños.

Aunque pasó su vida en una área geográfica estrecha, su influencia se extendó en Alemania en el siglo XVIII: sus tratados fueron citados a menudo y fueron discutidos por escritores tales como Adlung, Mattheson y Johann Gottfried Walther. Walther fue sobre todo a Halberstadt en 1704 a visitarlo, y esto llevó a una correspondencia instructiva y obviamente influenció el propio tratado de Walther "Praecepta der musicalischen Composition" (1708).

Werckmeister era tan famoso como examinador de órgano que como organista. Werckmeister también es importante por otras razones, particularmente por su testimonio ricamente documentado sobre qué música pretendían los organistas y teóricos de la iglesia protestante alrededor de 1700.