Con motivo de la dimisión de su tío como primer organista de la citada catedral, en el año 1667 concursó para ocupar dicho cargo, pero no logró su propósito. En 1674 comienza en Venecia su actividad como operista, y en 1686 obtuvo el cargo de maestro de capilla en la iglesia de Santa Barbara de Mantua, desarrollando de manera simultanea una brillante carrera como compositor de ópera en Venecia.

En el año 1700, con motivo del fallecimiento de Antonio Draghi, Marco Antonio Ziani se trasladó a Viena, donde fue designado Vice-kapellmeister de la corte imperial de Leopoldo I de Habsburgo, y en 1712 obtuvo el nombramiento de Hofkapellmeister de la misma, otorgado por Carlos VI del Sacro Imperio Romano Germánico, permaneciendo en este cargo hasta su muerte en 1715, cuando fue reemplazado por Johann Joseph Fux.

Ziani fue un gran dominador del contrapunto y un prolífico compositor de música vocal, ya que compuso 17 oratorios, 6 misas, magnificat, salmos, arias y cantatas, y entre 1674 y 1714, 45 óperas. En sus obras predomina el estilo dramático de Francesco Cavalli.