Dio clases en Erfurt desde 1600, comenzando en la Reglerschule; desde 1601 era preceptor y Kantor en St. Andreas y en 1607 era también rector de la escuela conectada con ella. Abandonó la enseñanza en 1609 y se hizo pastor: trabajó en las parroquias de Ilversgehofen y Marbach, cerca de Erfurt, hasta 1610 y luego se trasladó a Tröchtelborn, cerca de Gotha, donde se quedó hasta 1621 y fue probablemente también Kantor. Publicó la mayor parte de su música durante estos años.

Fue comparado con Orlando de Lassus como un “Orlandus Thuringiae” y él mismo estaba preocupado de la vida junto con su gran actividad musical: como escribió en el prefacio a su Intraden (1620), “pronto no habrá un solo pueblo, sobre todo en Thuringia, en el cual la música, tanto vocal como instrumental, no prosperará en buen orden con esplendor o refinamiento, según los recursos del lugar”.
Este período feliz y melodiosamente fértil en la vida de Altenburg terminó cuando se trasladó a Bonifaciuskirche en Sömmerda. Sus contemporáneos siguieron “elogiándolo como el predicador más devoto, ejemplar e inspirado, y sus himnos … son tenidos en alta estima y con frecuencia son cantados en las iglesias de Gross-Sömmer y de verdad en toda la localidad”. La guerra de Treinta Años, sin embargo, trajo el sufrimiento a su patria, y su creatividad cesó.

Su congregación fue diezmada por la plaga en 1636; su esposa murió en 1637, y de sus 13 niños sólo tres lo sobrevivieron. En 1637 la guerra lo llevó de vuelta a Erfurt, donde pasó el resto de su vida, primero como diácono, después de 1638 como ministro, de St. Andreas. La música de iglesia de Altenburg fue conocida y enormemente valorada durante su vida, y 17 de sus melodías fueron usadas en canto congregacional. Su canción ¡Verzage nicht, du Häuflein klein!, sobre un texto de Jacob Fabricius, se adoptó como la canción marcha del Rey Gustavo Adolfo de Suecia. Compuso conciertos vocales para grandes conjuntos, incluyendo trompetas y timbales, en hasta 18 partes, pero sus trozos en forma de motetes y sus simples pero efectivas intradas  en base coral con sus conjuntos instrumentales independientes, muestran que era también un maestro de las relajadas texturas madrigalistas en las formas polifónicas.

Una preocupación de profundo significado coexiste en sus trabajos con una tendencia hacia la simplificación de la expresión y las exigencias técnicas: como Blume dijo “quizás pueda ser llamado el primer popularizador de su época en la música de iglesia Protestante”.