Pasó un periodo en Roma, donde por lo menos en 1610 era maestro di cappella de la iglesia de la Madonna dei Monti. Volvió a Verona en abril de 1611 para asumir un puesto similar en la catedral y también estuvo allí asociado con la música de la Accademia Filarmonica, por lo menos en 1616. Abandonó estos cargos en 1622 para hacerse músico al servicio del Archiduque Carl Joseph, Obispo de Breslau y Bressanone, después de cuya muerte en 1624 se estableció en Salzburgo por lo menos durante diez años. Estuvo involucrado en la música de la consagración de la Catedral de Salzburgo en 1628: escribió un "Te Deum" para doce coros y una obra dramática, que no sobreviven. Llegó a ser Doctor en Leyes en 1627.

Edición discográfica con obras de Stefano Bernardi

Aunque era principalmente un compositor de iglesia, Bernardi escribió una buena cantidad de música secular, y algunos de sus volúmenes de música vocal incluyen al final numerosas obras instrumentales. Publicó su tratado de contrapunto cuando estaba rondando en los inicios del nuevo estilo concertato, mientras todavía se adhería a un lenguaje polifónico tradicional. La dicotomía entre viejo y nuevo estilos está tipificada precisamente en la colección  contemporánea de misas de 1615, algunas de las cuales son a cappella y otras concertato. La más antiguas son en un lenguaje post Palestriniano diluido, fluido y ocasionalmente expresivo; una está basada en la famosa "Il bianco e dolce cigno" de Arcadelt, -entonces casi 80 años anterior– testimonio de la increíble popularidad de ese madrigal. Bernardi había  expuesto ya, sin embargo, los principios del concertato en los motetes y salmos de 1613. . Otros salmos y colecciones de misas suyos son en un convencional 'stile antico', usando o no dobles coros. Pero en un último volumen, los "Salmi concertati" de 1637, volvió a la manera  concertato: interesantemente singularizó sólo un solista, soprano, en todos los salmos, mientras puntuaba los solos con un ripieno de cuatro partes cantando en forma provocativamente rítmica, música contrapuntística. Es como si el concierto para solista ya hubiera llegado, aun cuando la integración temática  todavía no resultaba. Varios de los motetes en la colección de 1621 tienen partes para instrumentos, incluyendo corneta, laúd y tiorba, así como los más comunes violines  y trombones. El  volumen  de 1634 contiene tres diálogos.

Las obras instrumentales de Bernardi son para tres a seis intérpretes y continuo. Su estilo los hace adaptables a varias combinaciones, como se sugiere en la página de título de los "Madrigaletti" de 1621. En las obras de seis partes de los "Concerti academici" de 1616 Bernardi hizo las dos partes principales más ágiles, quizás con violines en mente. Bernardi hizo una contribución interesante al arte delicado del madrigaletto en el volumen de tres partes de 1611 así como en el de 1621. . .