Nada se sabe sobre sus estudios musicales. Después de trabajar como maestro de música en la casa del abogado de Jena Wildvogel, se hizo Kantor y profesor en Weissenfels en 1694. El 28 de agosto de 1699 fue escogido entre 12 solicitantes como Kantor y director de música en Freiburg, puesto que mantuvo hasta su muerte (mientras tomaba una curación en Carlsbad). Fue sucedido por Johann Friedrich Doles, alumno de Johann Sebastian Bach, quien después de la muerte de Beyer continuó componiendo las últimas cinco escenas de la Pasión.

Edición discográfica con "Heiling ist Gott" de Johann S. Beyer

Cono escribió Schilling, Beyer era un ‘compositor diligente, maestro completo y un escritor musical excelente, particularmente de obras didácticas'. Su "Musikalischer Vorrath" contiene 97 himnos para días de fiesta, catecismo y ocasiones especiales; está dirigido a las personas jóvenes que estudian música y consiste principalmente en variaciones corales figuradas tratadas esquemáticamente (en el cantus firmus, el bajo o ambos) que, según Frotscher, llevan el principio alemán del sur de unidad de figuración a su extremo. También intentó usar 'melodías de los libros de himnos más viejos en el cantus, según su naturaleza y origen'.

Al igual que Kuhnau, él creía que el teclado no debiera ser superado por variedad ni sensibilidad. El prólogo de la colección contiene comentarios interesantes sobre el estilo de la composición coral a comienzos del siglo XVIII.

Otra obra didáctica importante de Beyer fue una especie de libro de texto para cantar, "Primae lineae musicae vocalis", en el que se dan simples instrucciones para cantar, en forma de diálogo, con un suplemento de ejemplos incluyendo cánones, fugas,  bicinia y arias, y una lista de términos musicales extranjeros. Sus obras vocales e instrumentales son por otra parte apenas más que competente 'arte utilitario'. Además de numerosas cantatas, himnos fúnebres y partitas, la colección "Geistliche musicalische Seelen-Freude", que consiste en 72 arias de concierto con dos partes vocales y cinco partes instrumentales diferentes, para el uso en todos los domingos y días de fiesta, debe mencionarse; estas composiciones, como varias cantatas inéditas de Beyer, usan textos de Erdmann Neumeister.