Recibió los hábitos de los Benedictinos de Vallombrosa el 3 de diciembre de 1595 y profesó el 30 de abril de 1598. En 1601 dejó Vallombrosa para completar sus estudios humanísticos y teológicos en la universidad de la congregación en Passignano. Él mismo informó que los jóvenes Benedictinos en Vallombrosa y Passignano recibían entrenamiento en canto, polifonía y en el órgano. Fue asignado primero a las abadías de Santa Trìnita (1605, 1609), Ripoli (1607) y San Pancrazio (1608), todas en o cerca de Florencia. Estudió al parecer con Caccini durante su primera estancia en Santa Trìnita, donde también consiguió el patrocinio del prior, Simone Finardi; su asociación con estos dos hombres le ganó su entrada en los círculos musicales Florentinos. Durante estos primeros años de éxito publicó cuatro colecciones de música y un poema celebrando la boda del Príncipe Cosimo de' Medici en 1608. En el mismo año fue elegido escriba en San Pancrazio, y en 1611 fue nombrado organista de Santa Trìnita.

Frontispicio de "Il Primo Libro de Motetti, Op. 3" de Severo Bonini - Venecia, 1609

Hacia 1613 había dejado Florencia y se había hecho organista de la abadía de San Mercuriale, Forlì; mientras estaba allí publicó por lo menos tres volúmenes más de música. Bajo el patrocinio del Abad Ilario Mortani cantó sus obras ante los aristócratas y eclesiásticos de la Romagna. En 1615 fue nombrado camarlengo de la abadía de San Michele en Forcole, Pistoia, y  volvió en un cargo similar a San Mercuriale en 1619. Desde 1623 a 1637 fue curate de San Martino en Strada, una parroquia en los alrededores  de Forlì. Luego pasó dos años más en San Mercuriale y volvió en 1640 a Santa Trìnita, Florencia, donde siguió siendo organista y maestro di cappella hasta su muerte.

Como compositor Bonini tuvo éxito asimilando y combinando varios estilos diferentes. Fue un temprano y entusiasta devoto del nuevo estilo monódico y un admirador de Giulio Caccini, como queda claro en su "Discorsi e regole sopra la musica" y en el prólogo de su "Madrigali e canzonette spirituali" (1607); en este volumen aplicó el estilo vocal de Caccini a la tradición del lauda en escritura estrófica, textos sacros vernáculos como monodias. Dos años después, con el motete concertado como modelo, publicó en sus piezas polifónicas de tres partes simplemente acompañadas Op. 3 avivadas con motivos concertato y embellecimiento. También en 1609, su libro de madrigales y motetes solos despliega una fusión de motete concertato y monodia sacra.

Edición discográfica con una obra de Severo Bonini

Su música escénica de un largo extracto de "Arianna" de Rinuccini (1613), incluyendo el lamento de Ariadne, es uno de varios trabajos de este periodo influenciados por la escena del lamento de Monteverdi. La interacción de estilos culminó en "Affetti spirituali" en –para citar la página de título– un ‘estilo mezclado' que combina las técnicas y la claridad formal del motete concertato con el lenguaje afectivo del ‘estilo Florentino'. . Bonini continuó escribiendo música pero no publicó ninguna más. En una carta de 1649 lamentando falta de patrocinio, declara un total de diez publicaciones y 12 obras inéditas. Los vallombrosanos habían financiado el costo de publicación de su música, pero ese apoyo cesó al parecer después de 1615, y no existe ningún manuscrito de su música posterior.

Tradicionalmente se pensó que "Discorsi e regole" de Bonini fue completado alrededor de 1649–50, aunque evidencia interna sugiere una fecha después de 1651–5. Es una fuente importante de información sobre el desarrollo de la monodia y la ópera. Este tratado ambiciosamente diseñado, que también abarca preguntas tradicionales tales como el lugar de la música en el universo y los orígenes de la música y los instrumentos musicales, está plagado de los prejuicios y tono predicador de Bonini. . Varios referencias marginales a las fuentes están desencaminadas, porque la discusión casi se deriva completamente de Zarlino, Galilei, Caccini, Grégoire de Toulouse y varios comentarios bíblicos. Los objetivos principales de Bonini eran defender la nobleza de la música contra aquéllos que la llamaban bufonadas, para demostrar la superioridad de la música moderna (específicamente el estilo recitativo) sobre la de la antigüedad, para sostener que Caccini inventó el estilo y para endosar (con reservas sustanciales) el uso de la música concertada en la iglesia. .