No se cuenta con infortmación sobre sus estudios musicales, que se pueden haber desarrollado en Parma, cerca del pueblo donde nació. Fue maestro di cappella de la Catedral de Urbino desde 1596 a 1598 y de nuevo desde 1612 a 1615, en Pesaro en 1600, en Fano de 1601 a 1605, de la Accademia dello Spirito Santo, Ferrara, en 1616, en Casalmaggiore desde 1618 a 1623, de la Catedral de Novara desde  octubre de 1623 a 1629, de la Catedral de Lodi de 1629 a 1630 y finalmente de la Catedral de Milán desde el 10 de abril de 1631. Aunque esta larga sucesión de puestos podría sugerir que era inquieto, no sólo muestra una progresión geográfica, desde la distante costa oriental de Italia hasta Ferrara –un centro musical comparativamente avanzado– y luego hasta su natal Lombardía, sino también un  progresivo avance en situación, desde los comparativos remansos de Pesaro y Fano, por la vía de una academia distinguida en las catedrales Lombardas, de las que Milán fue la cumbre.

Edición discográfica con una obra de Ignazio Donati

La producción de Donati es casi exclusivamente música de iglesia. Era consistentemente inventivo en todas las ramas en que trabajó, pero es especialmente importante como un pionero excelente del motete concertato en pequeña escala para unas pocas voces y continuo: la mayoría de sus trabajos en este género son para dos a cinco voces, aunque también publicó dos volúmenes completos de motetes solistas. Produjo sólo una colección de salmos, el notable "Salmi boscarecci" de 1623, con sus ripienos optativos y muchos métodos alternativos de interpretación. El primero de sus dos volúmenes de misas (1622) contrasta en obras separadas, para proporcionar gustos diferentes, el estilo moderno usual con uno más uniforme, más anticuado (aunque no un descolorido stile antico).

Con la experiencia práctica que ganó dirigiendo tantos coros provincianos, Donati estaba interesado en que su música debiera ser tan adaptable como fuera posible a recursos limitados.

En prólogos prolijos pero fascinantes de algunas de sus publicaciones explicaba cómo, por ejemplo, se podrían omitir las voces intermedias de los motetes de cuatro partes (1612) o interpretar los “Salmi boscarecci” con uno, dos, tres o incluso cuatro coros, con o sin  instrumentos, según lo requiriera ya sea la música ferial o festiva. También experimentó colocando las voces solistas a una distancia del órgano, así como con la más usada disposición espacial de coros separados, y tenía ideas interesantes sobre la enseñanza del canto, con las que prologó los motetes solos de 1636.

Como los mejores compositores de motetes concertato a pequeña escala Donati estaba igualmente como en su casa en los solos íntimos, dúo y trío motetes y en obras en cuatro a seis partes. La música de Donati es a menudo alegre: rara vez puso música a textos patéticos. Una ilustración especialmente atractiva de esto es el alegre motete de Pascua "Alleluia haec dies", para cuatro voces y violín optativo, de su colección de 1629. Un llamativo cambio emocional de beligerancia (línea de bajo cromática, contrapunto frágil) a seguridad (brillante tonalidad mayor y homofonía) se encuentra en el motete "Ecce confundentur" del Op 6.