En 1663 solicitó el puesto de Kantor en el Johanneum, Hamburgo, pero el cargo se otorgó a Christoph Bernhard. En 1664 sucedió a Michael Jacobi como Kantor en la Johanniskirche, Lüneburg. Durante sus 30 años en este puesto hizo su marca en la vida musical de Lüneburg, siendo muy bien considerado:43 de sus melodías se incorporaron en el himnario local; pero se vio envuelto en numerosas disputas con las autoridades de la escuela y de la iglesia a causa de sus incesantes esfuerzos por mejorar las condiciones para la interpretación de la música de iglesia. También hizo campaña enérgicamente para reemplazar los himnos litúrgicos latinos por himnos congregacionales alemanes.

En 1672 su sueldo fue retenido durante seis meses porque permitió que la música para el funeral de su cuñado fuera acompañada por un organillo, cosa que nunca se había permitido en el entierro de un ciudadano distinguido. En 1684 el senado municipal objetó su trabajo simultáneo como corrector de pruebas en la editorial de Stern. Desde 1683 en adelante solicitó repetidamente beneficios eclesiásticos, pero sólo en 1694 dejó el cargo para hacerse pastor en Römstedt, donde permaneció hasta su muerte. 

La mayoría de las numerosas composiciones que Funcke tuvo que escribir para las festividades cívicas y las bodas y entierros de ciudadanos principales han desaparecido. Sus odas fúnebres supervivientes para coro de cinco o seis partes y continuo muestran preocupación por las estructuras flexibles, producidas por el uso de combinaciones variantes de voces, y por el empleo de armonía y dinámica para interpretar el texto. Su cantata para el Año Nuevo de 1684 contiene varios versos solos entre los coros de  apertura y cierre.

En su "Danck - und Denck-Mahl", un concierto de gran potencia en diez secciones conmemorando la tormenta que dañó la torre de St Johannis, pasajes tutti y concertino alternan dentro de los coros. El acompañamiento consiste ya sea en cuatro cuerdas y fagot o cornetas y trombones, a instancia del texto, cuyos detalles descriptivos -aguacero, relámpago, trueno, terremoto- se retratan eficazmente en la música.

Birke atribuyó convincentemente a Funcke una "Pasión según San Mateo" anónima que tiene importancia particular en la historia de la Pasión oratorio. Debe haber sido escrita después que la Pasión según San Mateo de su colega de Lüneburg en algún momento Christian Flor, que tiene un texto idéntico; pero no fue influenciado por la Pasión según San Mateo de Johann Theile, que llegó a conocer en 1674. La Pasión de Funcke existe en dos versiones. La primera contiene recitativos sin acompañamiento para el Evangelista, que están en parte modelados sobre la fórmula de Pasiones más antiguas y en parte en la Misa Alemana de Lutero, pero también revelan los principios de expresión del texto. En la segunda versión los recitativos están provistos de una parte para continuo, que probablemente no es del propio Funcke. 21 'turbae' (multitud) acompañados dan énfasis dramático, y se interpolan 12 secciones solas y 9 sinfonías como momentos de serena meditación sobre los eventos de la Pasión.

En su "Pasión según San Lucas" (1683) de la que sólo sobrevive el texto, Funcke debe haber dado un paso considerable hacia la Pasión oratorio, pues el recopilador del texto no sólo insertó pasajes reflexivos sino de vez en cuando alteró el texto del Evangelio y lo elaboró. Según Walter los textos supervivientes de otras obras perdidas de Funcke son importantes como fuentes para la historia de la cantata y el oratorio. De su libro de texto escolar perdido sobre canto sólo se sabe que rechazaba el solfeo y usó nombres de letras para las notas e intervalos.