Nada se sabe acerca de sus primeros estudios musicales y anteriores empleos. Se incorporó a la capilla real de Varsovia como cantante, laudista y (posiblemente) compositor en 1602, cuando su nombre fue incluido entre los «señores músicos de nacionalidad polaca» en la lista de pagos. Probablemente estudió con el laudista Diomedes Cato, quien había llegado a la capilla real desde Pomerania el año anterior. Durante su permanencia en Varsovia Hakenberger tuvo contacto con Asprilio Pacelli, Kapellmeister desde 1603 a 1623.

Bajo el reinado de Sigismund III el estándar de la capilla de la corte polaca fue excepcionalmente alto en ese tiempo, y estaba ricamente dotado de manuscritos de música e impresos. Atrajo a muchos compositores italianos, incluyendo a Luca Marenzio, Giulio Osculati y Vincenzo Bertolusi, y promovió la música multi coral concertada en el estilo veneciano. 

Edición discográfica de motetes de Hakenberger

El 9 de Julio de 1607 Hakenberger solicitó el puesto de Kapellmeister de la Marienkirche Luterana en Danzig, una de las más grandes iglesias cristianas, y fue seleccionado con preferencia sobre varios prominentes compositores el 27 de abril de 1608. Otras ciudades examinaban escrupulosamente las creencias luteranas de tales candidatos, pero el concejo de Danzig puso en primer lugar las consideraciones musicales y, empezando con Hakenberger, empleó a varios músicos católicos. La decisión de emplear a Hakenberger dependió principalmente del opulento estilo de sus composiciones, que reflejaban la prosperidad de una rica ciudad comercial.

Su primera publicación en Danzig fue de música para ocasiones sociales. Sus “Newe deutsche Gesänge” (1610), una colección de madrigales polifónicos con textos en alemán, uno de ocho partes y 18 de cinco partes, fueron probablemente destinados para interpretarse en el Artushof, el centro de práctica de música secular  de Danzig. En la Marienkirche, que en 1614 empleaba 14 cantantes y 11 instrumentistas, Hakenberger cultivó el estilo veneciano de ‘cori spezzati’, por ejemplo en su “Sacri modulorum concentus” (1615) que consta de 21 motetes en latín para ocho voces y su “Harmonia sacra” (1617), que consta de 41 motetes en latín para seis a doce voces y continuo en dos o tres coros.

Hacia la segunda década el gusto del público había cambiado; el Nuevo estilo concertato, con los cantantes acompañados por el gran órgano, comenzó a atraer mas auditores, mientras Hakenberger continuaba persistiendo en el estilo veneciano fuera de moda.
Paul Siefert, que llegó a la Marienkirche como organista en 1623, agregó miseria a los años finales de Hakenberger a través de innumerables argumentos. Los primeros dos matrimonios de Hakenberger, en 1612 y 1625, terminaron con el fallecimiento de sus esposas; un tercer matrimonio, en 1627, terminó con su propia muerte cuatro meses más tarde. La música de Hakenberger muestra preferencia por la textura homofónica; cuando emplea la polifonía las partes siguen claramente un forma armónica.

Sus dos publicaciones finales son colecciones de pequeñas obras para tres voces sin continuo. Una fuente principal de la música de Hakenberger es el “Pelplin Organ Book”, una colección de seis volúmenes de transcripciones que ‘demuestra el alto nivel de la cultura musical polaca en el siglo XVII y revela sus conexiones con otros centros musicales europeos’ (Feicht). Contiene 911 composiciones de 111 compositores, incluyendo 55 de Hakenberger.