Su carrera se centró en su Sajonia natal, donde nació hijo de un pastor. Su madre era hija de Nicolaus Brause, un organista de Weissenfels que fue su primer maestro de música.

Edición discográfica con una cantata de Johann Augustin Kobelius

Después Kobelius estudió órgano con Christian Schieferdecker, Kantor y organista en Weißenfels, y, según Gerber, composición con Johann Philipp Krieger, Kapellmeister de la corte de Weißenfels. Gerber también consigna que Kobelius viajó extensamente siendo estudiante, y visitó Venecia.

En 1702 el Duque reinante de Saxe-Weißenfels aseguró a Kobelius el nombramiento  como organista de St Jacobi en Sangerhausen, venciendo la opción del pueblo por Johann Sebastian Bach. En 1703 Kobelius fue nombrado director del chori musici del pueblo y también empezó a aumentar sus variados deberes musicales en la corte de Weißenfels. En 1713 se convirtió en administrador y director de kapelle de la recientemente construida capilla de la Santa Trinidad en Sangerhausen. En 1725 fue nombrado Landrentmeister (mayordomo de la tierra) de la corte de Saxe-Weißenfels.

Kobelius fue el último compositor importante en escribir óperas durante el breve pero brillante periodo de música en la corte de Weißenfels. Entre sus predecesores distinguidos habían estado Reinhard Keiser, Johann David Heinichen y, sobre todo, Johann Philipp Krieger. Kobelius estuvo activo como compositor en Weißenfels desde 1712, pero desde 1715 a 1729 sirvió como el único compositor regular de óperas para las presentaciones en el palacio real, escribiendo una partitura o más cada año. Lamentablemente, toda esta música parece haberse perdido y pocos de los libretistas se han identificado. Solamente se conserva la cantata "Ich furchte keinen tod auf erde".